De club werd in 1923 opgericht als Milone Crotone en nam deel aan verschillende regionale competities waaronder de Prima Division, het hedendaagse equivalent van deSerie C. Na deTweede Wereldoorlog verving een nieuwe club, Unione Sportiva Crotone, de vorige en speelde zeven seizoenen in de Serie C. In 1963 degradeerde de club naar deSerie D maar kon de afwezigheid tot één jaar beperken en kon zich de volgende veertien seizoenen handhaven in de Serie C. In 1977 miste de club net promotie en werd ze derde achterAS Bari enPaganese Calcio.
Na de reorganisatie van de voetbalstructuur in 1978 degradeerde Crotone naar de nieuweSerie C2 en werd het volgende jaar failliet verklaard. Een nieuwe club Associazione Sportiva Crotone werd opgericht en startte in de Prima Categoria, het achtste niveau in Italiaans voetbal. In 1984/85 promoveerde Crotone naar de Serie C2, maar kon daar niet standhouden. De naam werd in Kroton Calcio veranderd en van 1987 tot 1991 speelde de club in de Serie C2. Na een nieuw faillissement werd Football Club Crotone Calcio opgericht, met Raffaele Vrenna als voorzitter. Er werd gestart in de Promozione, het zevende niveau. Na enkele opeenvolgende promoties tot Serie C2, won de club in 1998 de play-offs en keerde ze terug naar de Serie C2. In 2000 speelde de club zelfs voor het eerst in de geschiedenis in deSerie B. Ze degradeerde na twee seizoenen. In 2004 keerde Crotone terug en speelde het tot 2007 in de Serie B. In juni 2009 won Crotone deLega Pro Prima Divisione/B play-offs en keerde ze terug naar de Serie B.
Onder leiding van trainer-coachIvan Jurić verzekerde Crotone zich op vrijdag 29 april 2016 voor het eerst in de geschiedenis van promotie naar deSerie A. De club speelde die dag met 1-1 gelijk tegenModena. Ze was daardoor zeker van minimaal de tweede plaats in deSerie B en daarmee directe promotie.[1] In heteerste seizoen op het hoogste niveau ontsprong Crotone pas op de slotdag de dans: de ploeg won op28 mei met 3-1 vanLazio Roma, onder meer door twee treffers vanAndrea Nalini, waardoor de 18de plaats werd overgedaan aanEmpoli FC, dat in de laatste speelronde met 2-1 ten onder ging bij het reeds gedegradeerdeUS Palermo.
Aan het einde van hetseizoen 2017/18 viel het doek echter alweer voor de club in de hoogste afdeling. Net alsBenevento enHellas Verona degradeerde Crotone naar deSerie B. In het seizoen 2018/19 eindigde de club op een troosteloze 12de plaats en bleef een terugkeer naar de Serie A uit. Aan het einde van het seizoen 2019/20 keerde de club, onder leiding van trainerGiovanni Stroppa, terug naar de Serie A na een afwezigheid van 2 jaar. De club wist op 24 juli 2020 de tweede plaats veilig te stellen, goed voor rechtstreekse promotie. Na één jaar terug te spelen in de Serie A eindigde Crotone op de negentiende plaats en degradeerde de club opnieuw naar de Serie B voor het seizoen van 2021/22.