Emerson debuteerde in 1994 voor het BraziliaanseGrêmio. Hij was ongebruikte reserve in deWereldbeker voetbal 1995 tegenAjax in Tokio. De sterke controlerende middenvelder werd in 1997 aangetrokken doorBayer Leverkusen. Hij was sinds hetWK 1998 een van de sleutelfiguren van het Braziliaans elftal. Emerson vertrok in de zomer van 2000 voor 24 miljoen euro naarAS Roma. Hier won hij in zijn eerste seizoen voor het eerst in achttien jaar delandstitel. In 2004 volgde Emerson zijn trainerCapello naarJuventus, waar zij in hun eerste seizoen opnieuw de landstitel wonnen. Twee jaar later volgden hij enFabio Cannavaro Capello naarReal Madrid, nadat Juventus wegens eenomkoopschandaal was teruggezet naar deSerie B. In augustus 2007 vertrok Emerson naarAC Milan, waar op 21 april 2009 zijn contract in onderling overleg werd ontbonden.[1] Op 27 juli werd vervolgens bekend dat Emerson een nieuwe werkgever had gevonden en vertrok naar het BraziliaanseSantos.[2] In oktober 2009 beëindigde Emerson zijn voetbalcarrière wegens slepend blessureleed.
Op 3 november 2015 kondigde Emerson aan dat hij zich zou aansluiten bij Miami Dade, uitkomend in de American Premier Soccer League (APSL). Op 7 mei 2017 maakte Emerson zijn debuut voor Miami Dade, samen met voormalig Braziliaans international Gabriel, tijdens een met 3–1 gewonnen wedstrijd tegen Jupiter United. Op 2 juli 2017 won hij ongeslagen hetRegular Season Championship.
Emerson miste hetWK 2002, datBrazilië zou winnen. Hij was voor aanvang van het toernooi tot aanvoerder van het elftal benoemd. Een dag voor de eerste wedstrijd tegenTurkije raakte Emerson echter geblesseerd toen hij tijdens een partijtje op de training op doel ging staan en hierbij ongelukkig ten val kwam. Zijn schouder bleek uit de kom te zijn. Een periode van vier weken rust was vereist en het toernooi was voor Emerson al over voordat het begonnen was.