Hij volgde middelbaar onderwijs in hetCollège de l'Arc inDole (Jura). Nadien werd hij opgeleid aan deÉcole de Mézières van het garnizoen inStraatsburg. Tijdens de Franse Revolutie in de nacht van25 april1792 op26 april1792 componeerde Rouget de l'Isle in Straatsburg op een diner georganiseerd door burgemeesterPhilippe-Frédéric de Dietrich, hetChant de guerre de l'Armée du Rhin (marslied van het Rijnleger) en dit naar aanleiding van de oorlogsverklaring aan Oostenrijk. In 1795 werd deMarseillaise tot het Franse volkslied verklaard, maar in de volgende jaren meerdere malen verboden, en vervolgens sinds14 maart1879 uiteindelijk als volkslied erkend.
Zijn auteurschap voor de tekst van de Marseillaise werd niet in twijfel getrokken, maar het wordt betwijfeld dat hij ook de componist van de Marseillaise is. Verder schreef hij (ongetwijfeld) in mei 1792Roland à Roncevaux voor samenzang en harmonieorkest op een eigen tekst met de ondertitelHymne pour le guerre in de verzamelingHymnes de la Revolution Française.
In 1796 nam hij ontslag uit het leger en leefde verder in relatieve armoede. Hij trok zich een tijd terug als wijnbouwer op het familiegoed te Montaigu (bij Lons-le-Saunier).[1]
In 1915 werden zijn assen overgebracht naar hetHôtel des Invalides in Parijs.