In de gemeente zijn resten van eenRomeinse villa met mozaïeken gevonden.
De plaats is ontstaan alsPau. In de schaduw vanAgen, op de heuvel Coteau de Castillou, werd een fort gebouwd.Richard Leeuwenhart liet dit fort in 1175 afbreken.
Vanaf de 16e eeuw werd het een regionaal bekend bedevaartsoord rond een Mariabeeld. Dit beeld zou volgens de legende door een jonge herder zijn gevonden nadat hij een van zijn runderen voor het beeld zag buigen. In 1607 liet de voormalige koninginMargaretha van Valois een kapel bouwen op de plaats waar het Mariabeeld werd gevonden. De plaats nam de naam over van de Marialegende en werd Bon-Encontre ("mooie ontmoeting"). In de 19e eeuw verving een basiliek de 17e-eeuwse kapel en in 1891 werd een 16,5 meter hoog Mariabeeld gebouw op een heuvel in de buurt.[2]
De oppervlakte van Bon-Encontre bedroeg op 1 januari 2022 20,56 vierkante kilometer; debevolkingsdichtheid was toen 310,6 inwoners per km². Het zuidwesten van de gemeente, rond het 19e-eeuwseCanal de Garonne, behoort tot het stedelijk gebied van Agen.
De onderstaande kaart toont de ligging van Bon-Encontre met de belangrijkste infrastructuur en aangrenzende gemeenten.