Lobonț begon met voetballen bijFC Corvinul Hunedoara, waar hij tot 1997 speelde. Hij verhuisde in dat jaar naarRapid Boekarest. Lobonț was succesvol bij deze club en hij werd opgemerkt door de scouts vanAFC Ajax, waar hij in 2000 naar verhuisde. Op 26 november 2000 maakte hij zijn debuut voor de club, in een met 2-1 verloren uitwedstrijd tegenFC Utrecht. In zijn tweede seizoen werd hij, geplaagd door blessures en met een gebrek aan ervaring, uitgeleend aanDinamo Boekarest. Bij zijn terugkeer bij Ajax werd hij eerste keeper, maar door meer blessures en fluctuerende vorm was hij niet de eerste keus voor het daarop volgende jaar.
De laatst opvallende wedstrijd van Bogdan Lobonț voor Ajax is de wedstrijd in Nijmegen tegenN.E.C. in het seizoen 2004/2005.Maarten Stekelenburg moest na een botsing metRomano Denneboom geblesseerd van het veld en Lobonț zat op de bank en moest er dus in. NEC kreeg een penalty, die door Lobonț werd gestopt, waardoor Ajax met 1-0 won.
Op 20 januari 2006 verliet Lobonț AFC Ajax voorACF Fiorentina. Omdat eerste doelmanSébastien Frey door een blessure een half jaar aan de kant stond, werd Lobonț aangetrokken als vervanger.In zijn eerste periode bij Fiorentina kon Lobonț nog rekenen op een basisplaats. In het seizoen 2006/07 was Frey echter weer hersteld van zijn blessure. Op 14 januari 2007 werd bekendgemaakt dat de speler voor 500.000 euro vertrekt naarDinamo Boekarest.
Op 31 augustus 2009 verttrok de Roemeen op huurbasis (met een optie tot koop) naarAS Roma. Lobonț was daarvoor al enkele weken in training bij Roma, waar hij onder toeziend oog van de medische staf herstelde van een kruisbandblessure waaraan hij in april 2009 werd geopereerd. AS Roma nam hem na zijn huurperiode definitief over en hield hem aan als reservedoelman. Hij verlengde in juli 2016 zijn contract bij de club tot medio 2018.[1]