DeAtontempel was gebouwd door de eigenzinnige koningEchnaton. Deze wilde de macht van de Amon-priesters breken en verliet het vijandige Thebe voor de bouw van een nieuwe stadAchetaton in het huidigeTell el-Amarna. Hij wilde de geheimzinnigheid van de Amoncultus (cfr Amon de verborgene) vervangen door de open Atoncultus. Dat werd weergegeven in de grote tempel waar er geen donkere ruimten in waren. Het was een langgerekt complex: 210 m × 32 m. Het bestond uit twee delen waarin het allerheiligste zich achteraan bevond.
De tempel had ook nut alsdodentempel, want hij lag in het verlengde van het graf vanEchnaton. Vandaag zijn slechts funderingssporen overgebleven. De tempel en de stad werden na de dood van Echnaton verlaten en hetgeen overbleef werd doorRamses II gebruikt voor zijn tempel in het nabijgelegenHermopolis.