Nenek moyang terawal orang-orangKyrgyz dipercayai berketurunan campuran orang-orangMongolia danKipchak, mungkin menetap sehingga abad ke-10 di apa yang kini merupakan kawasanTuva diRusia. Dengan kebangkitanEmpayar Mongol pada abad ke-13, orang-orang Kyrgyz berhijrah ke selatan. Mereka tidak muncul sebagai suatukelompok etnik yang terasing sehingga abad ke-15. Berbagai-bagai orang Turki memerintah mereka sehingga 1685, apabila mereka dikuasai oleh orang-orangKalmyk (Oirat, danDzungar).Islam ialah agama utama di kawasan ini, dengan kebanyakan mereka merupakan orang IslamSunah Waljamaah daripadaMazhab Hanafi.
Pada awal abad ke-19, bahagian selatan yang kini merupakanKyrgyzstan dikuasai olehKekhanan Kokand. Wilayah ini yang ketika itu dikenali dalam bahasa Rusia sebagai "Kirgizia" digabungkan secara rasmi ke dalamEmpayar Rusia pada tahun 1876. Ambil alih oleh Rusia telah mencetuskan banyak pemberontakan terhadap kerajaan tsar, dan ramai orang Kyrgyz memilih untuk berpindah ke Pamir danAfghanistan. Selain itu, penindasan pemberontakan pada tahun 1916 diAsia Tengah mengakibatkan ramai orang Kyrgyz berhijrah keRepublik Rakyat China.
Kuasa Soviet pada mulanya diasaskan di kawasan ini pada tahun 1919 danOblast Autonomi Kara-Kyrgyz diwujudkan di dalamSFSR Rusia (istilah "Kara-Kirghiz" digunakan sehingga pertengahan 1920-an oleh Rusia untuk membezakan mereka daripada orang-orang Kazakh yang juga dirujuk sebagai orang-orang Kirghiz). Pada5 Disember1936,Republik Sosialis Soviet Krygyz diasaskan sebagai republik penuhUSSR.
Semasa dekad 1920-an, Kyrgyzstan banyak mengembangkan hidup budaya, pendidikan dan sosial. Kenal huruf diperbaik dengan pesat, dan bahasa kesusasteraan piawai diperkenalkan. Perkembangan ekonomi dan sosial juga amat ketara. Banyak aspek budaya kebangsaan Kyrgyz dikekalkan walaupun terdapat penindasan kegiatan berfaham kebangsaan di bawahStalin dan oleh itu, ketegangan-ketegangan dengan pihak berkuasa se-Kesatuan amat biasa.
Tahun-tahun awalglasnost tidak banyak mempengaruhi iklim politik di Kyrgyzstan. Bagaimanapun, akhbar Republik dibenarkan mengamalkan pendirian yang lebih liberal dan menubuhkan sebuah terbitan baru,Literaturny Kirghizstan, oleh Kesatuan Penulis. Kumpulan-kumpulan politik tak rasmi dilarang, tetapi banyak kumpulan yang muncul pada tahun 1989 untuk menangani krisis perumahan yang teruk dibenarkan berfungsi.
Pada Jun 1990, ketegangan etnik antara orang-orangUzbek dan Kyrgyz muncul diOblast Osh, di mana banyak orang-orang Uzbek merupakan golongan majoriti penduduk-penduduk. Pertempuran ganas menyusul, dan suatu darurat dan perintah berkurung diperkenalkan. Ketenteraman tidak dapat dipulihkan sehingga Ogos.
Perubahan yang ketara di Kyrgyzstan dilihat pada awal 1990-an. Menjelang waktu itu, Gerakan Demokratik Kyrgyzstan (KDM) telah berkembang menjadi satu kuasa politik yang penting dengan sokongan Parlimen. Dalam satu kemenangan yang tidak dijangka,Askar Akayev, Presiden liberal Akademi Sains Kyrgyz, dipilih sebagai Presiden pada Oktober 1990. Pada bulan Januari yang berikut, Akayev memperkenalkan struktur-struktur kerajaan baru dan melantik sebuah kerajaan baru yang terdiri terutamanya daripada ahli-ahli politik muda yang berkecenderungan reformasi.
Pada Disember 1990, Soviet Agung mengundi untuk menukarkan nama republik menjadi Republik Kyrgyzstan. (Pada tahun 1993, ia menjadi Republik Kyrgyz.) Pada Februari 1991, nama ibu kota, Frunze, dikembalikan ke nama sebelum pemberontakan, iaitu Bishkek.Bahasa Kyrgyz menggantikanbahasa Rusia sebagai bahasa rasmi pada September 1991. (Bahasa Kyrgyz ialah salah satu ahli kumpulan bahasa Turki Selatan dan ditulis dalamabjad Arab sehingga abad ke-20.Skrip Latin diperkenalkan dan digunakan pada tahun 1928, dan kemudian digantikan olehCyril pada tahun 1941.) Walaupun langkah-langkah estetik diambil menuju kemerdekaan, kenyataan ekonomi nampaknya masih menentang pemisahan daripada Kesatuan Soviet. Dalam sebuah pungutan suara untuk pengekalan Kesatuan Soviet pada Mac 1991, 88.7% daripada pengundi-pengundi menyokong cadangan untuk mengekalkan Kesatuan Soviet sebagai sebuah "persekutuan yang dibaharui".
Pada19 Ogos1991, apabilaJawatan Darurat Negara mengambil alih kuasa diMoscow, terdapat percubaan untuk menggulingkan Akayev di Kyrgyzstan. Selepas rampasan kuasa jatuh pada minggu yang berikutnya, Akayev dan Naib Presiden, German Kuznetsov, mengumumkan peletakan jawatan mereka daripadaParti Komunis Kesatuan Soviet (CPSU), dan semua ahli biro dan sekretariat meletakkan jawatan. Ini diikuti oleh undi Soviet Agung yang mengisytiharkan kemerdekaan daripada Kesatuan Soviet pada31 Ogos1991.
Pada Oktober 1991, Akayev bertanding untuk presiden Republik merdeka yang baru dan menang tanpa tentangan dengan 95% undi melalui pembuangan undi langsung. Bersama-sama dengan wakil-wakil tujuh Republik yang lain pada bulan yang sama, dia menandatangani Perjanjian Komuniti Ekonomi Baru. Akhirnya, pada21 Disember 1991, Kyrgyzstan secara rasmi memasukiKomanwel Negara-negara Merdeka bersama-sama dengan empat Republik Asia Tengah yang lain. Pada tahun 1992, Kyrgyzstan menyertaiPertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB) danCSCE.
Revolusi Tulip selepas pilihan raya parlimen pada Mac 2005 memaksa Presiden Akayev meletakkan jawatannya pada4 April2005. Pemimpin-pemimpin pembangkang membentuk kerajaan campuran yang baru di bawah PresidenKurmanbek Bakiyev dan Perdana MenteriFeliks Kulov.
Bagaimanapun, ketakstabilan politik nampaknya susah diatasi, dengan berbagai-bagai kumpulan dan puak yang dikatakan dikaitkan dengan jenayah terancang berebut-rebut untuk mendapatkan kuasa. Salah tiga daripada 75 ahli Parlimen yang dipilih pada Mac 2005 telah dibunuh sejak masa itu, dengan lagi seorang ahli dibunuh pada 10 Mei 2006, tidak lama selepas memenangi dalam sebuah pilihan raya kecil kerusi yang dikosongkan oleh abangnya yang telah dibunuh. Keempat-empat orang ini dikatakan terlibat secara langsung dalam usahaniaga-usahaniaga haram yang utama.
Tumpuan-tumpuan terkini di Kyrgyzstan termasuk: penswastaan syarikat-syarikat yang dimiliki oleh kerajaan, peluasan demokrasi dan kebebasan politik, hubungan kelompok etnik, dan terorisme.