PresidenKim Il-sung meninggal pada8 Julai1994, pada usia 82 tahun akibat serangan jantung. Kim Il-sung tidak digantikan sebagai Presiden, sebaliknya menerima gelaran "Presiden Abadi", dan bersemadi diIstana Peringatan Kumsusan di tengah bandaraya Pyongyang. Jawatan aktif ini telah dibubarkan dalam penghormatan kepada peringatan Kim Il-sung. Kim Jong-il secara rasminya menerima gelaran Setiausaha JeneralParti Buruh Korea dan pengerusiPengerusi Suruhanjaya Pertahanan Negara Korea Utara pada8 Oktober1997. Pada tahun 1998, jawatan beliau dalam Suruhanjaya Pertahanan diisytiharkan sebagai "jawatan tertinggi dalam negara", maka Kim boleh dianggap sebagai ketua negara Korea Utara semenjak hari itu. Oleh sebab Kim bukanlah presiden, beliau tidak diwajibkan mengikut perlembagaan untuk mengadakan pilihanraya untuk mengesahkan kesahan kepimpinan beliau dan maka itu, beliau masih belum lagi berbuat demikian.
Ekonomi kawalan pusat Korea Utara bergelut sepanjang 1990-an, terutamanya disebabkan kehilangan of penyusunan perdagangan strategik denganKesatuan Soviet[8] dan ketegangan hubungan denganChina berikutan penormalan China dengan Korea Selatan pada tahun1992.[9] Selain itu, Korea Utara mengalamibanjir besar yang memecah rekod dunia (1995 dan1996) diikutikemarau yang dahsyat selama beberapa tahun bermula tahun1997.[10] This, compounded with only 18 percent arable land[11] dan ketidakmampuan untuk mengimport barang-barang yang perlu untuk menampung industri,[12] yang menyebabkankebuluran besar-besaran dan menyebabkan Korea Utara mengalami kemelesetan ekonomi. Kim yang menghadapi sebuah negara yang makin mereput ini mengamalkan satudasar "Tentera Diutamakan" (선군정치,Sŏn'gun chŏngch'i) untuk menguatkan negara dan mengukuhkan rejim.[13] Di seluruh negara, dasar ini telah menghasilkan kadar pertumbuhan yang positif untuk negara sejak tahun1996, dan pelaksanaan "amalan ekonomi pasaran berjenis sosialis sebagai titik perubahan" pada tahun2002 memastikan kekukuhan Korea Utara yang sungguhpun masih bergantung kepada bantuan negara luar untuk makanan.[14]
Akibat musibah-musibah pada 1990-an, kerajaan mula mengizinkan secara rasmi beberapa kegiatanbarter dan perdagangan kecil-kecilan. Seperti yang diperhati oleh Daniel Sneider, pengarah sekutu penyelidikan diPusat Penyelididkan Asia-Pasifik Universiti Stanford, godaan dengankapitalisme ini "agak terhad, tetapi — khususnya jika dibandingkan dengan masa dahulu — kini terdapat pasaran-pasaran yang nyata menimbulkan kesamaan dengan sistempasaran bebas."[15] Paa tahun 2002, Kim Jong-il mengisytiharkan bahawa "duit sepatutnya mampu mengukur nilai semua komoditi."[16]Alamat-alamat yang menghala ke arah pembaharuan ekonomi ini mencerminkan tindakan serupa yang diambilDeng Xiaoping di China pada akhir 1980-an dan awal 90-an. Sewaktu mengadakan lawatan yang jarang sekali diadakan pada tahun2006, Kim meluahkan rasa kagum terhadap pembangunan ekonomi yang pesat di China.[17]
Pada tahun 1998, Presiden Korea SelatanKim Dae-jung melaksanakan "Polisi Sunshine" (햇볕 정책,Haetpyŏt chŏngch'aek) bagi mengeratkan hubungan antara kedua-dua Korea dan juga untuk membolehkan syarikat Korea Selatan untuk menjalankan projek di Korea Utara. Kim Jong-il mengumumkan rancangan untuk mengimport dan membangunkan teknologi baru untuk memajukan industriperisian Korea Utara yang masih baru. Kesan daridasar baru ini,Taman Perindustrian Kaesong dibina pada tahun2003 berdekatan sempadan dua Korea, beserta perancangan penglibatan 250 syarikat dari Korea Selatan dan pengambilan 100,000 orang pekerja Korea Utara menjelang tahun 2007.[18] Bagaimanapun, menjelang bulan Mac2007, taman itu cuma menempatkan 21 syarikat dan mengambil 12,000 orang pekerja Korea Utara.[19]
Televisyen kerajaan Korea Utara mengumumkan pemergian Kim Jong-il pada 19 Disember 2011.[20] Pemberita dengan sebaknya mengumukan bahawa beliau meninggal dunia dua hari sebelumnya akibatserangan jantung ketika menaiki keretapi ke suatu tempat di luarPyongyang.[5] Anaknya,Kim Jong-un diumumkan sebagai pewarisnya dalam siaran khabar tersebut.[21] Upacara pengebumiannya dijadualkan pada 28 Disember diPyongyang,[5] dengan tempoh berkabung sehingga sehari yang berikutnya.
Kim Jong-il selama ini sering dikritik oleh kerajaan-kerajaan dunia danNGO antarabangsa atas sebab pencabulan hak manusia sewaktu pemerintahannya, serta juga penghasilan senjata nuklear oleh Korea Utara, yang bertentangan dengan kewajiban antarabangsa yang sah di bawah Perjanjian Ketakcambahan Senjata Nuklear dan komitmen beliau sendiri untuk memastikanSemenanjung Korea bebas daripada senjata nuklear.Kem 22 ialah kem pengasingan tebesar di Korea Utara, di mana seramai 50,000 orang lelaki, wanita dan kanak-kanak yang dituduh melakukan "jenayah" politik ditahan. Timbulnya juga laporan pencabulan hak asasi manusia yang amat ngeri, seperti pembunuhan bayi yang dilahirkan tahanan.[22]
Citarasa mewah Kim turut menarik perhatian media. Dalam konteks sekatan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu yang mengehadkan perdagangan barang-barang mewah ke Korea Utara berikutan ujian senjata nuklear negara itu pada Oktober 2006, liputanReuters menyatakan bahawa "Tiada sesiapa yang menikmati barang mewah lebih berbanding pemimpin agung Kim Jong-il yang bermegah dengan bilik wain bawah tanah yang terbaik di negara denan ruang yang boleh menampung 10,000 botol. Kim juga menggemari makanan mewah seperti udang kara, kaviar dan sushi mahal yang dia telah terbang masuk untuk beliau dari Jepun."[23] Pembelian tahunan arakHennessy beliau dirangkakan berjumlah $700,000, manakala pendapatan purata rakyat Korea Utara adalah kira-kira $900 setahun.[24]
Sesetengah pembelot Korea Utara menghuraikan satu rangkaian yang direka untuk mengambil gadis remaja yang tercantik di negara untuk dijadikan alat mainan seks untuk Kim dan ahli-ahli pihak pemerintah yang lain. Gadis-gadis ini dirampas dari keluarga mereka dan ditempatkan dalam rumah agam dan rumah tumpangan yang didiami pegawai tinggi. Apabila mencecah usia 20-an, gadis-gadis ini dikahwinkan dengan pegawai berpangkat rendah secara paksa.[25]
