Ќутахија во класичниот антички период бил познат како е запаметен како Котиаеум. Подоцна градот станал дел од римската провинција Фригија Салутарис.
За време на владеењето на византискиот царЈустинијан I биле изградени градските ѕидини и тврдина. Во 1071 година градот бил освоен од Селџуците, додека во следниот период бил под власт на крстоносците, Гермијанидите, Монголците и Отоманците во 1428 година. Во османлиско време во градот се населиле голем број на ерменско население, и градот пораснал во реномиран центар за отоманската керамичка индустрија. Плочките кои биле произведувани биле наменети за џамии и објекти низ целиот Близок Исток.
До 1827 година градот бил седиште на Анадолскиот пашалак, кога бил формиран пашалакот Худавендигар. Во 1833 година градот бил окупиран од страна на Ибрахим Паша, во текот наОсманлиско-египетската војна (1831–1833).
Кон крајот на 19 век во градот живееле 120.333 жители, од кои 4.050 биле Грци, Ерменци 2.533, 754 католици, а остатокот биле муслимани. Во текот на Ерменскиот геноцид, градот и регионот биле поштедени. На 17 јули 1921 година градот бил окупиран од грчките сили. Градот бил ослободен и по крајот на Турската војна за независност, бил вклучен во составот на Турција.
