魔法。
それが現実の技術として確立されてから
約一世紀が過ぎていた。
国立魔法大学附属第一高校、
通称“第一高校”に
とある兄妹が入学する。
魔法師として致命的な欠陥を抱える
劣等生の兄・達也。
すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。

二人の学生生活は
激動に次ぐ激動の日々だった。
政治結社《ブランシュ》の襲撃。
九校戦への香港系国際犯罪シンジケート
《無頭竜(ノー・ヘッド・ドラゴン)》の介入。
大亜連合軍の横浜への侵攻。
人の精神に取り憑いて変質させる
魔物パラサイトの出現。
そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長
アンジー・シリウスこと
アンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。

波乱に満ちた一年が終わり、
二年生になった二人の生活も
少しずつ変化する。
四葉家から遣わされた
桜井水波が達也たちと同居することになり、
達也は新設された魔法工学科、
通称《魔工科》に転科する。
深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったが
それを世界が許すはずもなく…。

そして、
──波乱の日々が、
再び幕開く。

達也と深雪が第一高校に入学して
二回目の春が訪れた。
今年こそ深雪と平穏な
学園生活を送りたいと願う達也だが、
今年の一年生も昨年に負けず劣らずの
くせ者ぞろいだった。

七草真由美の妹で双子の香澄・泉美。
七草家に強い対抗意識を抱く七宝琢磨。

三人は入学早々トラブルを起こし、
達也はその対処に追われることに。
さらにその裏では人間主義者を煽動し、
魔法師を社会から排除しようとする
謎の美青年・周公瑾の陰謀が
蠢き始めていた――。

青春と陰謀が交錯する
「ダブルセブン編」がついに開幕！

九校戦――
全国魔法科高校親善魔法競技大会は、
実技を重視する魔法科高校にとって
重要な行事である。
この大会の成績は、生徒の進路に
大きな影響を与えることも珍しくない。

そんな九校戦の開催まで
あと一ヶ月に迫ったある日。
全国の魔法科高校に、
競技種目を変更するという通知が届いた。
なぜこのタイミングで種目変更が行なわれるのか
とパニックに陥る、
第一高校の生徒会長・中条あずさ。
一方、達也は、新しく追加された競技が
いずれも軍事色の強いものであることに
疑念を抱いていた。

だがこの種目変更は、
とある計画の第一歩に
過ぎなかった―――。

マスコミに反魔法師キャンペーンを仕掛け、
九校戦で行われたパラサイドールの
性能実験に介入した周公瑾。
彼は横浜を離れ、
京都を中心とした地域を勢力圏とする
古式魔法師集団「伝統派」の下に
潜伏していた。

それから二ヶ月が過ぎ、
「全国高校生魔法学論文コンペティション」の
開催が近づいてきたある日。
真夜の書状を携えた文弥と亜夜子が
司波家を訪れる。
書状の内容は、逃亡した周公瑾の捕縛について
協力を「依頼する」というものだった。
なぜ「命令」ではなく「依頼」なのか？
訝しみながらも真夜の依頼を
引き受けた達也と深雪は、
「伝統派」と対立する九島家に
協力を依頼するため、奈良へと向う。

そこで二人は深雪に匹敵する
天才魔法師・九島光宣と
出会うのだった――。