Upes šķērsošana sākās 4. jūlijā pulksten 21.00, 120 lielgabalu aizsegā, un 5. jūlijā Markfeldes līdzenumā tika izvietotasLielās armijas galvenās vienības. Šie manevri Napoleonam prasīja daudz laika, bet, neskatoties uz to, viņi pārsteidza austriešus.
Napoleons, uzzinājis, ka Kārlis gaida papildspēkus (erchercogaJohanna I Jozefa karaspēks), nolēma kustībā uzbrukt ienaidniekam, izmantojot visu sava karaspēka skaitlisko pārsvaru. Cīņa sākās pulksten 19. Taču steigā plānotais frontālais uzbrukums un sliktais artilērijas atbalsts nesagādāja frančiem un viņu Saksijas, Itālijas un Bavārijas sabiedrotajiem nekādus pozitīvus rezultātus, tikai smagus zaudējumus. 23:00 naktī cīņa beidzās.
Nākamajā dienā, 6. jūlijā, erchercogs Kārlis, panākumu iedvesmots, nolēma doties pretī frančiem. Austrieši nepareizi izskaitļoja savu papildspēku ierašanās laiku. Kārlis pārāk pagarināja savu fronti (par 21—27 km). Viņš neatstāja arī savas armijas rezerves. Pulksten 4 no rīta viņa karaspēks miglas aizsegā devās uzbrukumā. Izdzirdot kanonādi, Napoleons nolēma, ka viņa brāļa Johanna karaspēks ir savienojies ar erchercoga karaspēku. Napoleons pavēlēja savam karaspēkam uzbrukt.
Septiņos no rīta austrieši izvietoja savu artilēriju un atklāja uguni. Franču artilērija ilgi nebija jāgaida. No abām pusēm sākās kanonāde. Var teikt, ka franči uzvarēja šajā artilērijas duelī. Pulksten 10 no rīta austriešu labais flangs virzījās uz priekšu, lai nogrieztu francūžus no Donavas tiltiem. Viņiem tas izdevās. Napoleons, kurš vēroja kauju, nolēma centrā koncentrēt lielāko daļu savu spēku. Francijas imperators,Makdonalda vadībā koncentrēja centrā 45 000 karavīru ar 104 lielgabaliem.Līdz pulksten 12 Makdonalda karavīri nostājās aiz 104 lielgabalu baterijas. Apmēram stundu vēlāk Francijas maršalaDavū korpuss uzkāpa Noizidelas augstienē. Aptuveni tajā pašā laikā Napoleons deva pavēli uzbrukt Makdonalda karavīriem. Franči izšāva 104 lielgabalus un lēnām uzbruka ciešā izkārtojumā. Bet austriešu karavīri vairs nebija tie, kurus Napoleons iepriekš bija sakāvis. Piedzīvojuši sakāves rūgtumu, austrieši par katru cenu vēlējās uzvarēt šajā cīņā. Austrieši sagaidīja francūžus ar blīvumuskešu uguni. Francūži, sagrābuši austriešu kreiso flangu, sāka attīstīt veiksmīgu ofensīvu centrā, lai gan cieta ļoti smagus zaudējumus.
Erchercogs Kārlis, redzēdams, ka francūži pievelk savas rezerves un austrieši nevar ieņemt Noizidelas augstienes, pulksten 3 pēcpusdienā deva pavēli atkāpties. Ap pulksten 4 kaujas laukā parādījāsJohanns I Jozefs ar saviem 13 000 austriešu karavīriem. Bet redzēdams, ka kauja zaudēta, viņš kaujā neiesaistījās.