1941. gada martā iestājāsbruņotajos spēkos, dienēja Gaisa kājniekos (Air Corps), nolidoja vairāk par 1800 stundām. Vairākas reizes apbalvots. Pirmā loma pēc atgriešanāsHolivudā bija Kapras filmā "Brīnišķā dzīve" (1946), kas kļuvusi par Ziemassvētku klasiku. Par lomu tajā trešo reizi nominēts Amerikas Kinoakadēmijas balvai. Sasniedzot 40 gadu vecumu, kļuva skaidrs, ka vairs nevarēs saglabāt "naivā, jaunā, nevainīgā" cilvēka tēlu, kādu radīja pirmskara filmās. Ar režisoruAlfreda Hičkoka unEntonija Manna palīdzību izveidoja jaunu tēlu. Filmējies četrās Hičkoka filmās, no kurām "Virve" (1948) un "Cilvēks, kas zināja pārāk daudz" (1956) tiek uzskatītas par labām, savukārt "Logs uz sētu" (1954) unVertigo (1958) tiek uzskatītas par meistardarbu. Ar Mannu sadarbojās astoņās filmās, no kurām sešas bijavesterni, tai skaitāWinchester '73 (1950), "Kailais piesis" (1953) un "Vīrs no Laramijas" (The Man from Laramie, 1955). Par vienu no Stjuarta populārākajām filmām tiek uzskatīta 1954. gada Manna biogrāfiskā filma "Glena Millera stāsts" (The Glenn Miller Story, 1954).