Dzimis glavenokārt vāciešu apdzīvotā apgbabalāMorāvijā, mūsdienuČehijā, skolas direktora ģimenē. 1907. gadā ģimene pārcelās uzVīni, kur Zeiss-Inkvarts studēja jurisprudenciVīnes Universitātē.Pirmā pasaules kara laikā brīvprātīgi iestājāsAustroungārijas karaspēkā un dienēja dažādās frontēs Krievijā, Rumānijā un Itālijā. Pēc kara atvērisadvokāta privātpraksi.
No 1934. gada darbojāsKurta ŠušnigaAustrijas valdībā. 1938. gada februārī Vācijas draudu rezultātā Šušnigs iecēla Zeisu-Inkvartu par Austrijas iekšlietu ministru. Divas dienas pirmsAustrijasanšlusa no 1938. gada 11. marta līdz 13. martam Zeiss-Inkvarts pildījaAustrijas kanclera pienākumus un parakstīja likumu par Austrijas iekļaušanu Vācijā.
Otrā pasaules kara laikā kāHansa Franka vietnieks Zeiss-Inkvarts darbojāsĢenerālgubernatūrā, no 1940. gada maija veicaNīderlandesreihskomisāra pienākumus. Viņa atbildībā atradās visā okupētās Nīderlandes civilā pārvalde, kā arī nacistu politikas īstenošana tur. Aktīvi apkarojis pretošanās kustību, kā arī, būdams pārliecinātsantisemīts, bija tieši atbildīgs parholokausta īstenošanu Nīderlandē. Tomēr, kara beigu posmā 1944. gadā, pēc vienošanās ar bruņojuma ministruAlbertu Špēru, atteicies no Hitlera proponētās "izdedzinātās zemes" taktikas īstenošanas Nīderlandē, atzīstot to par bezjēdzīgu.
Nirnbergas procesā atzīts par vainīgunoziegumos pret cilvēci un sodīts ar nāvi pakarot. Viņa pēdējie vārdi pirms pakāršanas ir bijuši:
Es ceru, ka šis nāvessods būs pēdējā 2. pasaules kara traģēdija. Šī kara mācība ir, ka starp cilvēkiem jāvalda mieram un sapratnei. Es ticu Vācijai.
