Poļu—zviedru kara (1600—1629) laikā Latvijas teritorijā notikaKokneses kauja (1601),Salaspils kauja un citas lielas kaujas starp Polijas-Lietuvas un Zviedrijas karaspēkiem, kurās piedalījās arī Kurzemes un Zemgales hercogistes karaspēka vienības. Zviedrija ieguva kontroli pār lielāko daļuPārdaugavas Livonijas hercogistes (Vidzemi), Polijai-Lietuvai atstājot vienLatgali (Poļu Vidzemi jebInflantiju).
Zviedru Vidzemes galvaspilsētā Rīgā1631. gadā uzRīgas Domskolas bāzes tika atvērta Rīgas Akadēmiskā ģimnāzija,1675. gadā Zviedrijas karalisKārlis XI nodibināja otru pilsētas ģimnāziju -Kārļa liceju (latīņu:Schola Carolina) pie Sv. Jēkaba baznīcas. Pēc luterāņu baznīcasKokneses iecirkņa prāvestaErnesta Glika iniciatīvas nodibināja pirmās Vidzemes latviešu tautskolas Alūksnē, Apukalnā un Zeltiņos. Lielu ieguldījumu Vidzemes izglītības un zinātnes tālākai attīstībai deva pēc karaļaGustava Ādolfa rīkojuma dibinātāTērbatas Gustava akadēmija (latīņu:Academia Dorpatensise/Academia Gustaviana,1632 —1665), kurā varēja studēt filozofiju, jurisprudenci, medicīnu un teoloģiju. Teoloģijas profesors, vēlāk rektors bija pirmās Latviešu-vācu vārdnīcas autorsGeorgs Mancelis.
Kurzemes un Zemgaleshercogs Jēkabs savā valstī attīstīja metālapstrādi un kuģubūvi, kā arī radīja daudzas citas manufaktūras. Tika izveidotas diplomātiskās attiecības ne tikai ar kaimiņvalstīm, bet arīLielbritāniju,Franciju,Nīderlandi,Portugāli, u.c. Jēkabs izveidoja Kurzemes hercogistes tirdzniecības floti ar tās galvenajām ostāmVentspilī unLiepājā. 1651. gadā hercogiste savā īpašumā ieguvaAndreja saluGambijā un 1652. gadāTobago saluVestindijā.1656. gadā Kurzemes hercogs Jēkabs nopirka nomas tiesības uzPiltenes apgabalu, 1661. gada 25. februārī tika formāli apstiprināta Piltenes personālūnija ar Kurzemes-Zemgales hercogu.
Otrā Ziemeļu kara laikāKrievijas caristes karaspēks no 1656. gada 22. augusta līdz 5. oktobrim nesekmīgiaplenca Rīgu. Zviedrijas karaspēks no 1658. līdz 1660. gadam izpostījaKurzemes un Zemgales hercogistes plaukstošo saimniecību. 1656.-1667. gadā krievi okupēja Latgales dienvidu daļu un uz laiku pārdēvēja Daugavpili par Borisogļebsku. 1667. gadā pēc Andrusovas pamiera noslēgšanas krievu okupēto Latgales daļu atdeva atpakaļ Polijai-Lietuvai. 1677. gadāDinaburga kļuva parInflantijas vaivadijas administratīvo centru un katoļu bīskapa rezidenci.