Po Reino konfederacijos sudarymo akto pasirašymo1806 m.liepos 12 d. iš Šventosios Romos imperijos išstojo ir konfederaciją sudarė 16 pietų ir vakarų Vokietijos valstybių, konfederacijos „protektoriumi“ paskelbtas Napoleonas Bonapartas. Po kelių dienų Šventosios Romos imperijos imperatoriusFrancas II, kuris jau1804 m. pasiskelbėAustrijos imperatoriumi, paskelbė apie Šventosios Romos imperijos paleidimą. Tai jis padarė po Napoleono ultimatumo.
Per kelerius kitus metus prie Reino konfederacijos prisijungė dar 23 vokiečių valstybės. Į Reino konfederaciją nestojo tik Austrija,Prūsija,Danijai priklausantisHolšteinas irŠvedijai priklausantiPomeranija. Iš esmės Reino konfederacija buvo karinė sąjunga, t. y. jos nariai įsipareigojo remtiPrancūziją didelėmis karinėmis pajėgomis. Už tai daugeliui jų buvo pakeltas statusas –Badenas,Hesenas,Klevė irBergas tapo didžiosiomis kunigaikštystėmis,Viurtembergas irBavarija – karalystėmis, be to, kai kurioms iš vokiečių valstybių padidinta teritorija, prijungiant mažesniąsias valstybėles. Pagal Reino konfederacijos aktą Reino konfederacijoje turėjo būti sukurtos ir bendros valdymo struktūros, tačiau ši idėja greitai žlugo, nes (ypač didesniosios) konfederacijos valstybės siekė neriboto suvereniteto. Nebuvo sušauktas ir konfederacijos bundestagas.
Po Prūsijos pralaimėjimo kare su Prancūzija 1806 m. prie konfederacijos prisijungė daug vidurio ir šiaurės Vokietijos mažųjų valstybių. Didžiausią apimtį konfederacija buvo pasiekusi1808 m.: ji apėmė keturias karalystes, penkias didžiąsias kunigaikštystes, trylika hercogysčių, septyniolika kunigaikštysčių irHanzos miestusHamburgą,Liubeką irBremeną.
1810 m. prie Prancūzijos tiesiogiai prijungtos didelės šiaurės Vokietijos teritorijos paleiŠiaurės jūrą, kad Prancūzija galėtų geriau kontroliuotiAnglijos kontinentinės blokados vykdymą.1813 m. po Napoleono pralaimėjimoTautų mūšyje prieLeipcigo konfederacija žlugo.