Kilęs išValua dinastijos. VyresnysisHenriko II sūnus. Kai Pranciškui II buvo vos ketveri, buvo nutarta jį sutuokti suŠkotijos karaliaus Jokūbo V dukterimiMarija Stiuart. Judviejų vestuvės įvyko1558 m.balandžio 24 d. Po santuokos, Pranciškus II tapoŠkotijosprincu konsortu.1559 m.liepos 10 d. surengtame riterių turnyre, dvikovos metuHenrikas II buvo mirtinai sužeistas ietimi.Rugsėjo 21 d. Pranciškus IIReimse buvo karūnuotas naujuoju Prancūzijos valdovu. Nors pagal Prancūzijos įstatymus Pranciškus II buvo laikomas pilnamečiu,regente tapo jo motinaKotryna Mediči, kuri valdant valstybę, rėmėsi Marijos Stiuart dėdžių Gizų parama. Gizų vykdytos represijoshugenotų atžvilgiu, paskatino pastarųjų rėmėjus1560 m. pradžioje surengti vadinamąjį Ambuazo sąmokslą. Hugenotai tikėjosi pagrobti karalių ir hercogą Fransua de Gizą, priversti Pranciškų II atsisakyti persekioti hugenotus bei Gizų paramos. Tačiau sąmokslas buvo atskleistas ir karalius su svita pasislėpėAmbuazo pilyje. Tuo pat metu Pranciškus II, būdamas silpnos sveikatos, susirgo ausies uždegimu ir nuo prasidėjusių komplikacijų1560 m.gruodžio 5 d. Orleane mirė. Palaidotas ParyžiausSent Deni katedroje. Kadangi Pranciškus II vaikų neturėjo, Prancūzijos karaliumi tapo jo jaunesnysis brolisKarolis IX Maksimilijonas.