Pelagijus II gimė Romoje, nors tikėtina, jog jis buvoostgotų kilmės, o jo tėvo vardas buvo Vinigildas.
Pelagijus II kreipėsi įimperatorių Mauricą, prašydamas pagalbos kovoje sulangobardais, tačiauBizantijos imperija buvo per silpna ir negalėjo padėti. Pelagijui II teko sumokėti duoklęfrankams, kurie užėmėItaliją, bet netrukus pasitraukė iš jos, nes teritoriją iš jų perpirko langobardai.
Pelagijus II daug dirbocelibato įtvirtinimui. Jo idėjos šiuo klausimu buvo tokios griežtos, jog jo pasekėjasšventasis Grigalius I nusprendė jas sušvelninti.
Jo pontifikavimo metuMilano vyskupas, kuris buvo nutraukęs ryšius su Roma nuo pat „Trijų skyrių“ idėjos atmetimo, 581 m. vėl pradėjo bendradarbiauti su popiežiumi. Visgi kiti šiaurinės Italijos vyskupai vis dar liko atsiskyrę.
Pelagijaus II įsakymu buvo pradėta Šventojo Lorenco bazilikos rekonstrukcija. Jo pontifikavimo metu į krikščionybę atsivertėIspanijoje gyvenęvestgotai, tačiau kilo konfliktas suKonstantinopolio vyskupystę dėl aukščiausiojo patriarcho titulo – juo Pelagijus II laikė popiežius.
Pelagijus II tapomaro, nusiabusio Romą 589 m. pabaigoje, auka.
