Klubas įkurtas 1880 m. kaip „St. Mark’s (West Gorton)“, nes jį įkūrė Šv. Morkaus bažnyčios parapijiečiai iš Vest Gordono kvartalo. Taip bažnyčia siekė kovoti sualkoholizmu ir įtraukti vyrus į naują veiklą. Komanda debiutavo pralaimėjimu 1–2Maklsfildo bažnyčios komandai. 1899 m. tuo metu jau „Manchester City“ laimėjo antrąjį Anglijos divizioną ir pakilo įaukščiausią lygą. 1904 m. laimėjo pirmą aukščiausio rango titulą –FA taurę (be to, tais metais liko antri lygoje). XX a. pr. klubas toliau sėkmingai varžėsi dėl FA taurės, o 1937 m. laimėjo Pirmąją lygą. Į 1934 m. FA taurės rungtynes prieš „Stoke City“ susirinko net 84 569 sirgaliai – ilgus metus tai buvo Anglijos rekordas pagal į futbolo rungtynes susirinkusių sirgalių skaičių.
Po Antrojo pasaulinio karo „Manchester City“ rungtyniavo banguotai: 1963 m. iškrito įantrąjį divizioną, bet 1968 m. jau laimėjo pirmąją lygą. Be to, 1969 m. vėl laimėjo FA taurę, o 1970 m.Taurių laimėtojų taurę. 1983 ir 1987 m. „Manchester City“ vėl iškrito į antrąjį divizioną, bet sugebėjo greitai grįžti į elitinę lygą.
XX a. dešimtojo dešimtmečio pradžioje „Manchester City“ pateko į giliausią duobę savo istorijoje: 1996 m. iškrito iš Premjer lygos, o 1999 m. nukrito net įtrečiąjį divizioną. 2001 m. komanda perrinkta iš naujo, grįžo į antrąjį divizioną ir tą patį sezoną jį laimėjo. 2003 m. klubas persikėlė išMaine Road stadiono į naujai pastatytą Mančesterio miesto stadioną. Kurį laiką „City“ varžėsi Premjer lygos lentelės apatinėje pusėje, tačiau 2008 m. klubą įsigijoJungtinių Arabų Emyratų investuotojai („Abu Dhabi United Group“, vad. šeichasMansūras bin Zajedas al Nahjanas) ir ėmė pirkti brangius žaidėjus (Robinjas,Karlosas Tevesas,Emanuelis Adebajoras ir kt.). Pradžioje tai didelių pergalių neatnešė, tačiau komandos rezultatai palaipsniui kilo. 2011 m. „City“ laimėjo FA taurę (pirmas aukščiausio rango titulas po 1976 m.) ir pirmą kartą po 1968 m. pateko į Čempionų lygą. Kitą sezoną „Manchester City“ dramatiškai laimėjo Premjer lygą – tik paskutinėmis rungtynių sekundėmis įmuštasKuno Aguero įvartis į austaiderių „Queens Park Rangers“ vartus leido aplenkti amžinus priešininkus „Manchester United“.
„Manchester City“ pasirodymų Anglijos lygose raida
„City“ toliau laikėsi aukštumose, o 2016 m. treneriu paskyrusPepą Gvardiolą, visad išsilaikė tarp geriausių Anglijos komandų. Tiesa, nepaisant didelio biudžeto ir aukščiausio lygio žaidėjų, ilgą laiką klubui nesisekė laimėti Čempionų lygos. 2021 m. finale nusileista „Chelsea“, tačiau 2023 m. Gvardiolos auklėtiniai galop laimėjo ne tik Čempionų lygą, tačiau tais pačiais metais dar ir Premjer lygą bei Anglijos taurę.
