Kagošimos prefektūra įsikūrusiKiūšiū salos pietvakariuose. Prefektūrai priklauso ir virtinė salų, kurios nuo Kiūšiū nutolusios kelis šimtus kilometrų. Didžiausios jų yraAnamio salyne.
Prefektūroje pilna veikiančių ir užgesusiųugnikalnių, įskaitantSakuradžimą, kuris iškilęs Kagošimos įlankoje, priešaisKagošimos miestą. 9 % prefektūros ploto yra priklauso gamtosaugos parkams:Kirišimos-Jaku irUnzen-Amakusos nacionaliniams parkams, Amami Gunto ir Ničinan Kaigano kvazi-nacionaliniams parkams, Akunės, Bonomos, Fukiagehamos, Imutaikės, Košikidžimos, Osumi Nanbu, Sendaigava Ryūiki, Takakumajamos ir Tokara Reto prefektūriniams gamtos parkams.
