Oficialiai futbolo klubas „Sūduva“ buvo įkurtas1968 m. Tiesa, Marijampolėje būta komandos,„Sūduvos“ pavadinimu, kuri buvo minima1942 m. ir1943 m., tačiau apie šią komandą duomenų beveik neišliko. SovietmečiuSūduva žaidė aukščiausioje šalies lygoje, kur praleido eilę metų. Kelis kartus buvo pažeminta į Pirmą lygą, bet po kurio laiko vėl sugrįždavo į aukščiausią lygą. Per tris dešimtmečius sovietinėje futbolo sistemojeSūduva kartą laimėjo LTSR pirmenybių bronzą (1975 m.) ir kartą žaidė taurės finale (1976 m.).
Atgavus Nepriklausomybę, „Sūduva“ žaidė aukščiausiojoje lygoje, tačiau1991 m. pavasarį užėmė paskutinę vietą (surinkdama vos 1 tašką per 14 rungtynių) ir iškrito I lygon.1994 m. sekė dar didesnis krytis – į II lygą, ir iki2001 m. „Sūduva“ blaškėsi tarp I ir II lygos, kol2002 m. vėl gavo teisę žaisti aukščiausiajame divizione, iš kurio neiškrenta iki šiol.
Tais pat metais ji pasiekė Lietuvos taurės finalą, kas suteikė klubui teisę žaistiUEFA taurėje. Atrankos etape „Sūduva“ netikėtai palaužė norvegųBrann Bergen klubą (3:2 svečiuose ir 3:2 namuose), tačiau pirmajame etape triuškinamai pralaimėjo būsimajam finalininkui škotųCeltic Glasgow klubui.
Ryškiausia figūra tų metų Lietuvos futbole ir „Sūduvos“ žaidžiamose UEFA rungtynėse buvo puolėjasTomas Radzinevičius.
2004 metaisVidmantas Murauskas perėmė klubo valdymą. „Sūduva“ įsitvirtino aukščiausiojoje lygoje,2005 m. iškovojo bronzą (po 30 m. pertraukos) ir nuo to laiko kasmet laikoma viena iš pretendenčių į čempionato medalius.2006 m. pirmąkart iškovotaLFF taurė,2007 m. – pirmenybių sidabro medaliai. Komanda taip pat žaidė Baltijos lygos turnyre, kuriame rungtyniauja geriausios Lietuvos, Latvijos, Estijos komandos.2008 m. pastatytas naujasis stadionas ir dengtas maniežas – pirmasis toks futbolo kompleksas Lietuvoje. Europos klubų reitinguose „Sūduva“ per2000–2010 m. buvo 253 vietoje.[1]
2017,2018 ir2019 m. ekipa buvo stipriausia Lietuvoje ir tapdavo čempione. Ypač sėkmingi buvo2019–ieji, kai buvo iškovota Supertaurė,LFF taurė ir sezoną užbaigė iškovodami trečią čempionų titulą iš eilės. Po sezono baigėsi sutartis su treneriuVladimiru Čeburinu. Kurį laiką tvyrojo nežinia ar bus susitarta su treneriu dėl naujo kontrakto. Galiausiai (2019 m.gruodžio 22 d.) pranešta, kad treneris apsisprendė būti arčiau šeimos ir grįžta į gimtinę.[2]
2019 m.gruodžio 11 d. pasirodė pranešimai, kad ARVI grupė neberems klubo2020 m. sezone. Buvo nuimami užrašai ir iškabos su buvusio rėmėjo pavadinimu. ARVI arena pervadinta į Marijampolės futbolo areną (bent laikinai, kol atsirastų kitas rėmėjas).[3] Tuo pačiu metu spaudoje pasirodė pranešimai apieMarijampolė City vadovo, kuris yra ir Marijampolės apskrities futbolo federacijos prezidentas, Žydrūno Buzo priešpriešą Lietuvos čempionams.[4]
2020 m. sausio mėn. komandos vyr. treneriu tapo austrasHeimo Pfeifenberger[5], tačiau kovo mėn. prasidėjuskoronaviruso pandemijai atsirado nesutarimų dėl futbolininkų atlyginimų sumažinimo bei treniravimo nuotoliniu būdu.Balandžio 14 d. klubas nutraukė sutartį su treneriu, pareikšdamas, kad treneris nevykdė arba ne visai vykdė kai kuriuos sutartyje numatytus punktus[6][7][8].Gegužės 23 d. treneriu paskelbtasSaulius Širmelis.[9]
2020 m. liepos 23 d. rungtynėse priešGargždų „Bangą“ Marijampolės klubo žaidėjams buvo parodytos 4 raudonos kortelės, tai buvo iki šiol nepasiektas rekordas. Jei būtų buvusi parodyta dar viena raudona kortelė, pagal FIFA taisykles rungtynės būtų buvusios nutrauktos ir užskaitytas pralaimėjimas. LFF Drausmės komitetas klubui paskyrė 1000 eurų baudą.[10]2020 m.spalio 24 d.LFF taurės turnyro finale, po baudinių serijos „Panevėžys“ nugalėjo „Sūduvą“ ir pirmą kartą klubo istorijoje iškovojo trofėjų.[11][12] Arėjant paskutiniam A lygos etapui, kuris buvo numatytas2020 m. spalio 31 d., FK Sūduva pranešė kad du žaidėjai turi koronaviruso simptomus ir karantinuojasi.[13] Po kelių dienų vienam žaidėjui buvo patvirtintas teigiamas mėginys, o dar po poros dienų 19 klubo narių mėginiai buvo teigiami. Komandos treniruotės buvo nutrauktos, visi žaidėjai saviizoliavosi. LFF sutiko perkelti rungtynes į lapkričio 8 d., o vėliau į lapkričio 12 d., su galimybe perkelti į lapkričio 22 d., pasibaigus Tautų lygos varžybų periodui.[14][15][16][17] Buvo neatmetamas ir blogiausias scenarijus – šios dvikovos perkėlimas į 2021 metus.[18] Galiausiai buvo priimtas sprendimas žaisti rungtynes lapkričio 14 d. Sprendimas susilaukė daug kritikos nes tiek Sūduvos tiek Žalgirio žaidėjams atstovaujantiems rinktinėje nebuvo leista išvykti su rinktine, kuri žaidė su Farerų salomis lapkričio 11 d., su Baltarusija 15 d. ir Kazachstanu 18 d. Žalgiris norėjo sužaisti rungtynes kuo greičiau, argumentuodami kad augant užkrėtimų skaičiui rungtynės gali išties šiais metais neįvykti. Sūduva norėjo nukelti rungtynes kuo vėliau, nes žaidėjai neturėjo pakankamai laiko atsigauti po persirgimo. V.Širmelis teigė kad net pasaulinės praktikos nėra, ką daryti su tais žaidėjais, kurie ateina į treniruotę persirgę šita liga, vienas žaidėjas reagavo vienaip, kitas – kitaip. Sūduvos treneris apibūdino rungtynes tarsi buvo sustatyti prie sienos sušaudyti.[19] Žalgiris laimėjo rungtynes 3:0 ir po 3 metų pertraukos iškovojo čempiono titulą.
2022 m. sezoną pradėjo pergale Supertaurės rungtynėse.[20] Deja sezoną užbaigė šeštoje vietoje, ir neiškovojo galimybės dalyvauti UEFA turnyruose.
2022-2023 metais žiniasklaidoje buvo kalbama kad klubo savininkasVidmantas Murauskas planuoja perleisti nuosavybę ir valdymą. 2023 m. pradžioje buvo kalbama apie galimą klubo pardavimo sandorį,[21][22] tačiau permainos neįvyko. 2024 m. gruodžio mėn. klubo direktoriumi buvo paskirtasDovydas Lastauskas, iki tol užėmęs vyr. trenerio poziciją. D.Lastauskas perėmė direktoriaus pareigas iš Vidmanto Murausko sūnaus Andriaus, kuris atsitraukė į verslo veiklą.[23]
2025 m. lapkričio mėn. V.Murauskas perleido prezidento pozicijąMantui Agentui. V.Murauskas užėmė šią poziciją nuo 2004 m. M.Agentas taip pat yra bendrovės „Mantinga Group“ generalinis direktorius.[24]
2013 m. sezono pabaigoje klubas pranešė pasirašęs techninio rėmimo sutartį su aprangos gamintojuJoma. Ši ispanų bendrovė aprūpina visas klubo komandas nuo2014 metų.
2008 m.liepos 6 d. Marijampolėje atidarytas naujas 4200 vietųfutbolo stadionas. Atidarymo rungtynėse „Sūduva“ susitiko su daugkartiniais Lietuvos čempionaisFBK Kaunas futbolininkais. Šios rungtynės baigėsi rezultatu 0-0. Pirmąjį įvartį šiame stadione pelnė „Sūduvos“ žaidėjasSergej Koziuberda. Jis pasižymėjo2008 m.liepos 17 d.UEFA taurės atrankos rungtynėse prieš VelsoThe New Saints FC klubą. Šalia šio stadiono pastatytas 2500 vietų uždaras futbolo maniežas su dirbtine danga. Taip pat šalia stadiono funkcionuoja dvi treniruočių aikštės po atviru dangumi. Klubo infrastruktūra laikoma viena geriausių Lietuvoje, ji atitinka visusUEFA reikalavimus.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.
FK „Sūduva“ fanų bendruomenė, vadinama „Sūduvos sakalais“ arba kartais „Sūduva Faithful“ bei „Raudonai balti“, susibūrė 2008 m.[37] Fanų klubas yra integruotas į miesto bendruomenę ir prisideda prie jos socialinio gyvenimo – nuo 2012 m. „Sūduvos sakalai“ yra Marijampolės jaunimo organizacijų tarybos „Apskritasis stalas“ nariais.[38]
