2014 m. bankrutavusFK Ekranui, Panevėžys liko be reprezentacinės miesto ekipos.2015 m. pavasarį buvo įkurtasFK Panevėžys ir išimties tvarka debiutavo Pirmos lygos pirmenybėse. FK „Panevėžys“2015 m. kovo mėn. asociacijos pagrindu įsteigė ir klubo valdyme dalyvavo aštuoni nariai.[1] Debiutantai LFF2015 metų I-os lygos pirmenybėse iškovojo 8 vietą.[2]2016 metais iškovojo penktą poziciją.[3]
2017 m. prieš sezoną buvo kalbėta apie Pirmos lygos auksą, bet pradžia susiklostė ne taip palankiai kaip tikėjosi klubo vadovybė, todėl iš pareigų atsistatydinoVirginijus Liubšys.LFF taurės turnyre kovas pradėjo nuo pimojo etapo (1/32 f.), kuriame 1-0 įveikėŠiaulių „Juventa-99“.
2019 m. pradžioje klubas sėkmingai licencijavosiA lygai. Pagal nuostatusAntroje lygoje turėjo žaistiPanevėžys B ekipa, todėl suburta dublerių ekipa. Galutinėje komandų rikiuotėje2019 m. A lygoje užėmė aukštą penktą vietą, kuri garantavo išlikimą A lygoje.
2020 m. čempionatas buvo sudėtingas ir dėlpandemijos, ir žaidybine prasme. Likus sužaisti dvi rungtynes ekipa buvo paskutinėje (šeštoje) vietoje.2020 m.spalio 24 d. įvykoLFF taurės turnyro finalas, kuriame po baudinių serijos panevėžiečiai nugalėjoFK Sūduva ir pirmą kartą klubo istorijoje iškovojo trofėjų.[6][7] Laimėjęs likusias dvi rungtynes ir palankiai susiklosčius kitų rungtynių baigčiai, panevėžiečiai galėjo tikėtis pakilti į ketvirtą turnyrinės lentelės vietą. Bet kuriuo atveju, laimėtaLFF taurė reiškia, kad ekipa pateko į 2021–2022 m. Europos lygos turnyrą kaip LFF taurės laimėtoja.[8]
2023 m. spalio 21 d., likus sužaisti 4 rungtynes, FK Panevėžys tapo nebepavejamu taškais, ir pirmą kartą savo istorijoje užsitikrino Lietuvos A lygos čempiono titulą.[9]
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.
Dublerių ekipa vadinamaPanevėžys B.Komanda sudaryta Panevėžio Futbolo akademijos ir R. Sargūno sporto gimnazijos auklėtinių pagrindu. FK „Panevėžys“ yra VŠĮ Futbolo akademija „Panevėžys“ dalininkas.[15]Nuo2020 m. sezono varžėsiPirmoje lygoje.
Alexandru Curteian – nuo2018 m.sausio 16 d.[18] Vėliau sutartis pratęsta iki2020 m. sezono pabaigos,[19] tačiau po keturių pralaimėjimų iš eilės sutartis buvo nutraukta šalių sutarimu birželio 15 d. Trenerio pareigas laikinai užėmė Dainius Gleveckas.[20]
