Han forbedrede Israels forhold til Egypten og Jordan og spillede en central rolle i den proces, der førte tilPrincipaftalen af 1993 (også kendt som Osloaftalen) medPLO om rammerne for en fredsaftale mellem Israel og palæstinenserne.

I 1994 modtog Shimon PeresNobels Fredspris sammen med sin mangeårige samarbejdspartnerYitzhak Rabin og PLO's lederYassir Arafat. Efter mordet på Rabin i 1995 blev Peres atter premierminister, men måtte gå af i 1996 efter et snævert valgnederlag tilBenjamin Netanyahu.

Shimon Peres forsøgte i 2000 forgæves at blive valgt til Israels præsident. I 2001 blev han udenrigsminister i en regering ledet af Sharon ogLikud. Peres og de øvrige ministre fra Arbejderpartiet trak sig i oktober 2002 ud af regeringssamarbejdet.

I januar 2005 indtrådte han igen i regeringen og blev vicepremierminister. I november 2005 tabte Peres valget til formand for Arbejderpartiet tilAmir Peretz og forlod derefter partiet. Han blev efterfølgende medlem afKadima-partiet, grundlagt i 2005 af Sharon.

Shimon Peres blev efter valget i april 2006 vicepremierminister og minister for udvikling afNegev ogGalilæa. I juli 2007 blev Peres valgt til præsident efter den skandaleramteMoshe Katsav. Efter embedsperiodens udløb i 2014 trak Peres sig tilbage fra politik. Han blev efterfulgt som præsident afReuven Rivlin.