Den Baltiske Issø var en isdæmmet smeltevandssø, som dækkedeØstersøsænken og omkringliggende landområder iSenglacialtid for ca. 15.000-11.700 år siden.

Langs den nordlige bred var søen opdæmmet af gletsjeris, og søen voksede både i størrelse og dybde, efterhånden som Det Skandinaviske Isskjold smeltede bort. Ved overgangen tilPostglacialtiden blev barrieren af gletsjeris over Mellemsverige brudt, og søen blev delvis tømt. Herefter trængte det arktiskeYoldiahav ind i Østersøen, hvor det kaldes DetBaltiske Ishav.

Mens Det Skandinaviske Isskjold havde sin rand stående gennem Skåne og videre til Bornholm, opstod en isdæmmet smeltevandssø foran den afsmeltnende isrand med afløb gennem Øresund. De ældste stadier af søen er sporet i den vestlige Østersø på Bornholm og i Blekinges skærgård (Fig. 1).

I takt med at isranden rykkede længere nordud gennem Østersøen, blev der afsat sedimenter i søen bestående af vekslende lang af fint sand og ler. Sandet blev aflejret under forårets og sommerens afsmeltning, mens leret blev udfældet i det stillestående søvand om vinteren, mens søen var frosset til. Denne rytmiske gentagen mellem vinter- og sommerlag kaldesvarv, og lagene veksler på en særlig måde, der anvendes til at aflæse lagenes kronologi. I kombination med fxkulstof 14-datering kan alderen af de enkelte varv bestemmes næsten til kalenderår, på samme måde som årringe i træ kan anvendes til arkæologiske aldersbestemmelser.

Efterhånden som tærsklen gennem Øresund blev udsat for landhævning, blev søens udløb indsnævret og snart helt lukket, og pga. det store tilskud af smeltevand steg søens vandspejl. Eftersom isranden år for år rykkede nordud, fulgte issøen med. Landhævningen betød dog, at de sydlige dele af søens areal blev indskrænket, fordi vandstanden faldt.Varvkronologien har vist, at isfronten i løbet af ca. 2.000 år smeltede så hurtigt tilbage, at den omkring slutningen afAllerød varmetiden og begyndelsen afYngre Dryas befandt sig i området nord for Gotland og grænsede op til de store mellemsvenske søerVänern ogVättern (Fig. 2).

Ved slutningen af Yngre Dryas brast gletsjerdæmningen ved Vättern, og vandet i issøen blev udsat for næsten momentan udstrømning gennem et smalt stræde, Närcke Sundet, og videre gennem Göta Dalen til det arktiske Kattegat, Yoldiahavet. I forbindelse med tapningen faldt vandstanden i søen op mod 25 meter i løbet af et par år, indtil vandspejlet i søen nåede samme niveau som Kattegat. Herefter trængte Yoldiahavet ind i den centrale del af Østersøen og Den Baltiske Issø blev afløst af DetBaltiske Ishav.