Ancylussøen var en ferskvandssø, som dækkede store dele afØstersøen og de omgivende landområder for 10.700-8.500 år siden. Søen repræsenterer et ferskvandsstadie i Østersøens udvikling fra sidste istidsslutning til i dag. Dens udvikling falder i to afsnit, hvor det første havde først afløb til Kattegat gennem Svea älv i Midtsverige, det andet gennem Dana-elv syd om Lolland-Falster og op gennem Storebælt. Søen har fået navn efter den lille ferskvandssneglAncylus fluviatilis(huesnegl), der levede i stort tal på bunden af bassinet.

Efter tapning af denBaltiske Issø ogYoldiahavets indtrængning blev Østersøsænken efterhånden til et ferskvandsbassin. For ca. 10.500 år siden indsnævredes udløbet gennem Svea älven pga. landhævning for til sidst at lukke helt. Hurtig afsmeltning fra resterne af Det Skandinaviske Isskjold betød samtidig, at vandstanden i søen steg. Den højeste vandstand indtraf for ca. 10.200 år siden (Fig. 1), men selv om tilførsel af smeltevand stadig fandt sted, førte landhævning i de nordlige områder af bassinet til en lokal vandstandssænkning. Dette blev modsvaret af stigende søniveau i den sydlige del af Østersøen, hvor landhævningen var langt mindre; det medførte, at hele bassinet så at sige tippede sydover. Under denne del afFastlandstiden blev udløbet forlagt til Dana-elven og andre floder gennem Bælterne, men ikke til Øresund, da tærsklen ved Flinterenden mellem Saltholm og Malmø allerede var hævet over søens niveau.

Erosion af udløbet gennem floderne i Storebælt førte til udbygning af store deltaer ogbarriereøer i den sydlige del af Kattegat. Samtidig havde havstigningen overhalet landhævningen, således at søens vandspejl for ca. 9.800 år siden kom til at ligge i samme højde som havniveauet.

Udløbet gennem Dana-elven blev svækket af periodevis saltvandsindtrængning fra Kattegat til den vestligste del af Østersøen. De følgende ca. 1.000 år var søbassinet dog stadig domineret af ferskvand. Bassinet var imidlertid udsat for tiltagende brakvandsindslag, og for ca. 8.500 år siden blev hele Østersøen til et barkvandsbassin, mens vores indre farvande oplevede fuldt marine forhold.Litorinahavet var herefter trængt langt ind i Østersøsænken og tilliggende havbugter.