우주에 떠 있는 스페이스 콜로니에서 평온하게 지내던 여고생 아마테 유즈리하는 냐안이라는 소녀와의 만남으로 인해 불법 모빌슈트 결투 경기인 "클랜 배틀"에 휘말리게 된다.

"마츄"라는 이름으로 참가한 아마테는 GQuuuuuuX를 몰고 격렬한 전투의 나날로 뛰어든다.

그 무렵, 우주군과 경찰 양측으로부터 쫓기던 정체불명의 모빌슈트 "건담"과, 그 파일럿인 소년 슈우지가 아마테의 앞에 나타난다.

세계가 새로운 시대를 맞이하려 한다.