がちがちに堅い敬語は使わなくても、目上の人やお客様宛のメールはやはりある程度敬語を使って書くものだと思います。
よく

お待ちしています。

とメールの文章にありますが、
これは

お待ちしております。

と書くほうが丁寧できちんとした印象で伝わります。*1

×　お待ちしています。
○　お待ちしております。

×　よろしくお願いします。
○　よろしくお願いいたします。

×　うかがわせていただきます。
○　うかがいます。

×　いかがいたしますか？
○　いかがなさいますか？

×　ご覧になられましたか？
○　ご覧になりましたか？

×　お目にかかりますか？
○　お会いになりますか？

細かいことですが、メールを受け取ったあと気にする方は気にされます。一通りおさえておくとよいかと思います。

また上から目線にならないように気をつけたいというのもあります。
例えば「特に問題ありません。」「別に構いません。」というのは目上の人には使いません。

×　特に問題ありません。
×　別に構いません。
○　そのまま進めていただけたらと思います。よろしくお願いいたします。

語尾をソフトにする表現もおさえておくとよいかと思います。

×　ご連絡ください。
×　ご返事ください。
○　ご連絡いただけると幸いです。
○　ご返事をいただけると助かります。

×　それでいいです。
○　そちらでお願いいたします。
○　〜でぜひ、お願いいたします。
○　〜が私も、よいと思います。

ざっとあげてみましたが、これらはほんの一例で、他にもメールで使うと良い言い回しは多々あります。
例えば、これもほんの一例ですが、

• お忙しいところ恐れ入りますが、ご都合のほどをお知らせいただけると幸いです。

• お手数をおかけしますが、下記の件、よろしくお願いいたします。

• うかがいます。よろしくお願いします。

• この方向で進めてください。よろしくお願いいたします。

• 了解です。承知しました（承知いたしました）。拝見いたしました。（※追記有り）

• お問い合わせいただいた内容は下記の通りです。ご確認のほど、よろしくお願いいたします。

• お手数をおかけいたしますが、〜していただきたく存じます。

• お忙しいところ、失礼いたしました。

• お忙しいところ恐れ入りますが、よろしくお願いいたします。

• お忙しいところ恐れ入りますが、ご都合のほどをお知らせいただけると幸いです。

• メールにて恐縮ですが、取り急ぎごあいさつまで。

• メールにて恐縮ですが、取り急ぎお願い申し上げます。

• よろしくご査収ください。

• お目通しいただければ幸いです。

• ご確認のほど、よろしくお願いいたします。

メールって書いた人を表すっていうのかな、送ったメールでその人の人柄みたいなものを判断されたりイメージされたりというのはあるのですよね。
メールで人柄を判断されるというのもなんだかアレですけれど、やはりですね、相手は受け取った文章で直感的感覚的になんらかのものを感じ取っているものだと思います。
これを読んでいる皆さんも受け取ったことがあると思うのですが、感じのいいメールってありますよね。感じのいいメールをもらうと、感じのいい人だなぁとプラスの印象を持つというのはあります。ああ、この人はメールでの言い回しをちゃんとわかっている人だなぁと。まぁいわゆるマナーと言われるものですが、場面に応じたひとことを添えるだけで、あとあとのやりとりがスムーズになるというのはあります。

敬語もできないよりはできたほうがいい、そう思います。
仕事をするのであれば、最低限はおさえておきたいかな、と。

関連記事：敬語。これくらい知っておくとよいかもというのをまとめてみた。
http://d.hatena.ne.jp/komoko-i/20100902/p1

普通語	尊　敬　語	謙　譲　語
言う・話す	おっしゃる	申し上げる、申す
行く・来る	いらっしゃる、おいでになる、お越しになる、お見えになる	伺う、参る、参上する
する・行う	される、なさる	させていただく、いたす
知る	ご存知	存じ上げる、存じる
いる	いらっしゃる、おいでになる	おる
聞く	お聞きになる	うかがう、うけたまわる、お聞きする
食べる・飲む	召し上がる	いただく、頂戴する
見る	ご覧になる	拝見する
着る	お召しになる

参考にした本です。

好かれるメール 嫌われるメール (静山社文庫)

• 作者: 杉山美奈子
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※追記　2011/5/25
コメントもいただきましたが、「了解です」よりは「承知しました」「承知いたしました」の方が敬語として適切かと思われます。訂正いたします。