완전히 독립된 연맹은 1919년 12월 20일 해체된 오스트리아 축구 연합의 일부였던 자치폴란드 축구 연합(PFU)을 통합하여 설립되었다. PFU는 1911년 6월 25일오스트리아-헝가리의Lwów에 설립되었다.[2]
1939년 9월독일 국방군이 폴란드를 침공했을 때, 모든 폴란드 기관과 협회는 PZPN을 포함하여 해산되었다. 독일 점령군은 폴란드인들이 축구 경기를 조직하는 것을 금지했다.[3]
2008년 9월, 폴란드 축구 협회 지도부는 폴란드 올림픽 위원회에 의해 "지속적이고 노골적으로 규정을 위반"하여 자격이 정지되었다.[4] 1년 전, 폴란드 스포츠부는 또한 폴란드 축구 협회 내의 부패를 해결하려고 시도했지만, 어떠한 형태의 정부 개입도 금지하는FIFA로부터 자격 정지 위협을 받았다.[5] 2008년 10월 30일,그제고시 라토가 폴란드 축구 협회의 회장이 되었다. 2012년 10월 26일,즈비그니에프 보니에크는 118명의 대의원 중 61표를 얻어 회장으로 선출되었다.[6]
축구 협회는 창립 100주년이 되는 해에2019년 FIFA U-20 월드컵과 함께 100주년을 맞았다. 2019년, 폴란드 축구 국가대표팀에서 뛰었고홀로코스트 중바르샤바 게토에서 사망한 유제프 클로츠는 협회로부터 명예를 얻었다.[7][8] 2021년 8월 28일, 체자리 쿨레샤가 회장으로 선출되었다.[9]