칼리파의 역사는 서기632년에 무함마드가 죽은 후 이슬람 공동체의 지도자로서 제1대 칼리파로아부 바크르가 선출되어 "알라의사도의 대리인"을 칭했던 것에서 시작되며, 제2대 칼리파가 된우마르 1세는 "아미르 알무미닌(Amīr al-Mu'minīn)"라고 하는 칭호를 채용하여, 칼리파의 칭호와 함께 이용되게 되었다. 제3대는우스만 이븐 아판, 제4대는알리 이븐 아비 탈리브로 계승되었으며, 이 4명은쿠란과순나에 기초하여 '움마'를 통치하였기 때문에정통 칼리파(Al-Khalifah Ar-Rashid)라고 불린다.
칼리파는 어디까지나 예언자의 대리인에 지나지 않기 때문에, 이슬람의 교의를 좌우하는 종교적 권한이나 꾸란을 독단적으로 해석해 입법하는 권한을 갖고 있지 않고, 대신에 이것들은 울라마들의 합의에 의해서 보충되어 단지 움마의 행정을 통괄하여 신도들에게 이슬람의 의무를 준수시키는 역할 밖에 갖고 있지 않다. 그러나, 또 10세기에 압바스 왕조의 칼리파가 대(大)아미르에 정권을 맡기게 되면서, 칼리파는 실권을 잃고 아미르나술탄의 지배권을 승인하는 대신에 그들의 비호를 받았다. 그 후 안달루스 왕조도 칼리파를 칭하게 되었다. 압바스 왕조의 마지막 바그다드 칼리파인알 무스타심은1258년에일칸국의 건국자인훌라구에 의해 살해되어 아부 바크르 이래 계속된 칼리파 제도는 여기서 한 번 끊어졌다.
그러나, 그로부터 3년 후에맘루크의바이바르스는 살아남은 압바스 왕조의 일원 가운데 한 사람을카이로로 초대하여 새로운 칼리파로 옹립해, 맘루크(노예 군인) 출신의 술탄에게 지배의 정당성을 주는 존재로서 존속하게 되었다.1517년, 맘루크 왕조가오스만 왕조에 의해 멸망하게 되면서, 카이로의 칼리파는 오스만 왕조의 수도이스탄불로 끌려가 버렸다.
당초 오스만 왕조는 칼리파의 권위에 의지하지 않고서도 실력으로서, 술탄들의 술탄을 자처하고, 이슬람 세계의 맹주로서 행동할 수 있었지만, 18세기 말에서부터 19세기에 걸쳐,러시아 제국 등 주변 국가들에 비해 군사적 열세가 벌어지면서, 오스만 제국 내외의 무슬림들에게 영향을 미치기 위해서는 칼리파의 권위가 필요하게 되었다. 그래서, 16세기 초에 오스만 제국의 황제는 아바스 왕조의 마지막 칼리파로부터 칼리파권을 선양받아 술탄과 칼리파를 겸비하는 군주제가 생겨났다(술탄-칼리파제).
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