체코어에는 많은방언들이 존재하며 대부분은 서로 이해가능하다. 모든 체코인들이 서로 의사소통하는 것이 가능한 이유는 체코 사람이라면 누구나 표준 체코어 (spisovná čeština) 또는 보통 체코어 (obecná čeština)를 알기 때문이다. 경우에 따라 표준 체코어와 보통 체코어를 섞어서 말하기도 하고 또 다른 경우에는 표준 체코어에 방언 또는 속어를 섞어 말하기도 한다.
보통 체코어는보헤미아 지방에서 널리 사용되는 말이다. 표준 체코어와는 발음과 문법에서 차이가 난다. 대표적인 발음의 차이는 환경에 따라 표준어의 /ý/는 /ej/가 되고 /é/는 /ý/가 되고 /o/로 시작하는 단어 앞에 /v/를 넣어 발음하는 것이다. 명사의 곡용에서도 차이가 있다. 대표적으로 도구격(조격)에서 표준어에서는 성에 따라 어미가 달라지지만보헤미아 방언에서는 무조건 -ama, -ma 어미를 사용한다. 또 다른 발음상의 차이로 특히프라하 방언은모라바 방언에 비해 더 열린 모음으로 발음을 하는 경향이 있다.
모라바 지방의 방언은 어휘적인 측면에서 표준 체코어와 완전히 다른 경우가 있다. 그리고보헤미아의 상황과는 달리 모라바에서는 마을마다 방언 차이가 나는 경향이 있다. 일상적으로 사용되는 말은 여러 방언들이 뒤섞인 형태로 옛 지역 방언, 표준 체코어, 때로는 보통 체코어의 형태까지 발견된다. 일상적인 상황에서 표준 체코어를 사용하는 빈도는보헤미아에 비해 높으며모라바 사람들은보헤미아 사람들보다 더 정확한 표준어를 구사하는 경향이 있다.
체코령 실레시아 지방에서오스트라바 시를 중심으로 사용되는 방언도 표준 체코어에 가깝다. 그러나, 발화 속도가 빠르고 장모음과 단모음을 구별하지 않는 경향이 있다.
슬로바키아어로도 어느 정도의 의사소통이 가능하다. 체코어와 슬로바키아어 사이의 차이는 어휘 구성에 있어 다른 언어의 두 방언 사이의 차이보다 그다지 크지 않을 수도 있다. 예를 들어,저지독일어와고지독일어 사이의 관계가 그러하다.
대화도 거의 통한다. 체코어도 슬로바키아어와 마찬가지로슬로바키아의 극동부방언, 체코어의모라비아 방언을 제외하면 어느 정도 통한다.
체코슬로바키아가체코와슬로바키아로 나뉘기 전까지 대부분의 성인들은 텔레비전과 라디오를 통해 두 언어를 일상적으로 접했기 때문에 의사소통에 큰 어려움이 없었다. 그러나 분리 이후 성장한 세대들은 서로를 이해하는 데 어려움이 있다. 슬로바키아의 경우에는 체코어로 된 방송을 내보내는 경우가 많기 때문에 새로운 세대들도 체코어를 상당 수준 이해하지만 체코의 경우에는슬로바키아어를 접할 기회가 없기 때문에 1990년 이후에 태어난 세대들은슬로바키아어가 체코어와 유사해도 쉽게 이해하기 어렵다.
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