에스토니아어는 크게 북부 방언과 남부 방언으로 나뉜다. 오늘날 에스토니아어의 표준어는 북부 방언을 기준으로 하며, 그 중에서도 특히탈린을 중심으로 한 중부 방언에 기반하였다.남에스토니아어로도 통칭되는 남부 방언군은 상세히타르투 방언,물기 방언,버로 방언,세토 방언으로 나뉘는데, 방언 차이가 비교적 커서 일부 학자들은 별개 언어로 구분한다.
9개의모음(/ɑ æ e i o ø ɤ u y/)과 36개(고유 어휘에 나타나는 것은 28개)의이중모음이 있다.[1] 이중모음의 첫번째 요소로는 어떤 모음이든 올 수 있지만, 두번째 요소로는 /ɑ e i o u/만이 가능하다. 에스토니아어의 특징적인 모음으로비원순 후설 모음 /ɤ/이 있다.
에스토니아어의 비주류 방언들에는 다소의모음 조화가 남아있으나, 표준어가 기반한 중앙 방언에서는 그 특징이 거의 상실되었다.
11부터 19까지는 1부터 9까지의 단어 뒤에 '-teist'를 추가하고 20, 30 등 십 단위의 숫자는 1부터 9까지의 단어 뒤에 '-kümmend'를 추가한다. 100은 sada, 1,000은 tuhat이라고 한다. 큰 숫자를 읽을 때는 단순히 숫자를 하나씩 읽어서 합치면 된다.
Kõik inimesed sünnivad vabadena ja võrdsetena oma väärikuselt ja õigustelt. Neile on antud mõistus ja südametunnistus ja nende suhtumist üksteisesse peab kandma vendluse vaim. (세계 인권 선언 제1조)