ҚалаКиото таулары менойпаты маңайында орналасқан. Таулардың жарылған жерлері қаланың шекарасының рөлін атқарады.
Киотоның теңізге шыға алмағандығы және оның жалпы орналасуы климатыныңқоңыржай жәнеконтиненттік болғандығына себеп болып келеді.Тамыздағы орташа жоғары температурасы – 28,2 °C болғанымен қаланың климаты суық және құрғақ. Маусымнан қыркүйекке дейін жаңбыр жауатын мезгіл болып келеді. Жылғы жауын шашын орташа мөлшері 1491 мм.
1568 жылы Киото регионалды басшыОда Нобунага басшылығында болады. Ол қираған қаланың қайта құрылуын бастады.Ода Императорлық сарайын мен Нидзё мұнарасын қалпына келтіреді де, астананың экономикалық жағдайын дұрыстайды. Оның қорғауының астында қаладаИезуиттер бастағанхристиан миссиясы жүреді. Одадан кейін болғанТоётоми Хидэёси өзінің ізашарының жоспарын жалғастырады.1590 жылы ол қалада жаңа жол жүйесін құрастырады, кварталға бөліну жүйесін енгізеді де, қаланың орталығында орналасқан монастырьлерді Тэраноути ауданына көшіреді. Киотода Дзюракудай сарайының, Ниси-Хонгандзи монастырінің және қала маңындағы Фусими мұнарасының құрыстырады.
Токугава сёгунатының құрылуыан кейін мемлекеттің саяси ордасыЭдо қаласы болып кетеді. Алайда, Киото Жапонияның астанасы мен Император резиденциясы болып қала берді. Киото қаласының қауіпсіздігін сақталуы мақсатыменТокугава Иэясу Нидзё қамалын салады.
XVII—XIX ғасырларда Киото елдің ең бай қалаларының бірі болады. Оның халық саны 400 мың адам болды және ол ЖапониядаЭдо менОсакадан кейін ең үлкен қала болған.
1864 жылы өрттен Киото қатты зақымданады, қаланың көпшілігі зардап шегеді, 28 мың үй толықтай жойылады. жылы КиотодаМэйдзи жаңғыртуы өтеді, және Император астананыңТокиоға аты өзгерген Эдоға көшірілуін жариялайды. Император сарайының көшуіне байланысты Киото өзінің мың жылдық Астана атағын жоғалтады.
Екінші дүниежүзілік соғыс кезінде Киотоамерикандықтардың атомдық жаруға жоспарланған қалалардың бірі болған. Осының себептерінің бірі – қаланың ауқымдылығы. Алайда бұған АҚШ Әскер министріГенри Стимсон қарсы болған, өйткені ол Киотода өзінің бал айын әйелімен бірге өткізген. Оның сөзі бойынша,жапондықтардың ежелгі мәдениеттік және діни орталығының бұзуы АҚШ абыройына зақым келтіреді. Лесли Гровс пен басқа комитет мүшелерінен қолдауды ала алмаған Генри ПрезидентТруманға жүгінеді де, оны көндіртеді.
