Оның1687 жылы жарық көргенТабиғи философияның математикалық бастамалары (латынша: «Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica») деген кітабы ғылым тарихындағы ең ықпалды шығарма болып саналады. Осы еңбегінде Ньютонбүкіл әлемдік тартылыс заңын жәнеқозғалыс заңдарын тұжырымдап, содан кейінгі үш ғасырда үстемдік еткен және қазіргі заманғы инженерлік ғылымның негізі болып табылатынклассикалық механиканың негізінін қалаушысы. Ньютон өзінің тартылыс заңы мен Кеплердің ғаламшарлар қозғалысыныңзаңдарының арасындағы сәйкестікті дәлелдеп, жер бетіндегі заттардың қозғалысы менаспан денелерінің қозғалысы бірдей заңдарға бағынатынын көрсетті. Осылайша олгелиоцентризм туралы соңғы күмәнды сейілтіп, ғылыми революцияның басын бастап берді.
Ньютонның дінге деген қызығушылығы да зор болды, оның діни еңбектері көлемі жағынан ғылымға қосқан үлесінен үлкен.
Денелердің Орталық күш әсерінен қозғалу траекториясы конустық қима болатынын, оған себеп барлық планеталар мен кометалардың Күнге, ал планета серіктерінің өз планеталарына ара қашықтықтың квадратына кері пропорционал күшпен тартылуы екенін дәлелдеп, бүкіләлемдік тартылыс заңын тұжырымдады. Физикада Ньютон қызған денелердің суыну заңын, ақ жарықтың монохромат сәулелерге жіктелуін, сфералық мөлдір денелердің түйіскен нүктесінің айналасында интерференц. сақиналардың пайда болатынын, т.б. ашты. Ол – термометрді ойлап шығарған алғашқы ғалымдардың бірі.[1] Астрономияны телескоптық бақылау мен математикаға сүйенетін жаңа ғылыми сатыға көтерді. Өзі жасаған екі айналы телескоп арқылы (1668 жылғы) аспан құбылыстарын тікелей бақылады. Аспан денелерінің қозғалыс теориясын жасап, аспан механикасының негізін салды.[2] Ньютонның астрономиялық еңбектері механика мен физикадағы табыстарына ұштасып жатады. Математикада дифференциалды және интегралдық есептеулерді (Готфрид Вильгельм Лейбницке тәуелсіз) ойлап тапты, шамалардың ең үлкен және ең кіші мәндерін табу, қисық сызыққа жанама жүргізу, қисық сызықтың ұзындығын, жазықтықтағы тұйық сызықтың қоршайтын ауданын табу, функцияларды қатарларға жіктеу, т.б. жаңалықтар ашты. Бұлар математикалық анализдің негізі болып табылады. Ньютонның ғыл. шығармаларының жинағы 5 том болып 1779 – 85 жылы Лондонда латын тілінде басылған.[3]
2005 жылы өткізілген сауалнамаға сұралғандардың көпшілігі Ньютонның ғылым тарихына жасаған ықпалыАльберт Эйнштейндікінен әлдеқайда күшті болған деп ойлайтындарын айтқан.[4]