正院（せいいん）は、1871年（明治4年）の廃藩置県後に発布された太政官職制の最高機関。
1871年9月13日（明治4年7月29日）それまでの太政官を正院、左院、右院の三つに分け、左右両院の上に立つ。政務を執る正院は従来の太政官に相当し、太政大臣、納言、参議、枢密正権大少史、正権大少史等で構成された[1]。ただし、同年9月24日（同年8月10日）には納言、枢密正権大少史、正権大少史等は廃止されて、太政大臣、左右大臣、参議、正権大少内史、正権大少外史等で構成し[2]、納言は左右大臣となる[3]。
正院にはまた、監部課[1]、式部局、舎人局、雅楽局の三局[4]が配属されたが、同年9月24日（同年8月10日）には、舎人・雅楽局は廃止され式部局とともに式部寮に統合された[5][6][7]。
その後、1873年（明治6年）5月の改革で権限はさらに強化され、天皇輔弼の責任が明確にされた。1875年（明治8年）4月、立憲政体の詔書に基づき元老院・大審院が創設され、左右両院を廃止。同年7月3日に内史所管の法制課が廃止され、法制課の事務が内史本課へ合併されるとともに、内史の機能のうち法案の起草、勘査の機能のみを独立させて専門化した機関[8]として法制局が置かれた[9]。
1877年（明治10年）1月18日に正院の名称が廃され、以後は単に太政官と称した[10]。
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