| 南禅院 | |
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 庭園「曹源池」 | |
| 所在地 | 京都府京都市左京区南禅寺風呂山町86-5 |
| 位置 | 北緯35度0分37.08秒東経135度47分37.93秒 / 北緯35.0103000度 東経135.7938694度 /35.0103000; 135.7938694座標:北緯35度0分37.08秒東経135度47分37.93秒 / 北緯35.0103000度 東経135.7938694度 /35.0103000; 135.7938694 |
| 宗派 | 臨済宗南禅寺派 |
| 寺格 | 南禅寺塔頭 |
| 本尊 | 亀山法皇像 |
| 創建年 | 弘安10年（1287年） |
| 開山 | 無関普門（大明国師） |
| 開基 | 亀山法皇 |
| 中興年 | 元禄16年（1703年） |
| 中興 | 桂昌院 |
| 文化財 | 木造亀山法皇坐像、木造一山一寧坐像（重要文化財） 庭園（国の史跡・名勝） |
| 公式サイト | 臨済宗大本山 南禅寺 公式サイト 南禅院 |
| 法人番号 | 3130005001093 |
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南禅院（なんぜんいん）は、京都市左京区南禅寺福地町にある臨済宗南禅寺派の寺院。大本山南禅寺の塔頭。本尊は亀山法皇像。南禅寺の発祥地といわれている。門前には琵琶湖疏水事業の一環として建設された水路閣が通る。
文永元年（1264年）、亀山天皇は禅林寺の南側にあるこの地に、離宮・禅林寺殿を建てた。離宮は「上の御所」（上の宮）と「下の御所」（下の宮）に分かれており、弘安10年（1287年）に亀山上皇によって「上の御所」に持仏堂の南禅院が建立されている。
正応2年（1289年）、亀山上皇はこの地で出家して法皇となると[1]、正応4年（1291年）に離宮・禅林寺殿を無関普門を開山として寺院化させ、龍安山禅林禅寺と名付けた。その後、禅林禅寺は規模を拡大させて名称も南禅寺と改めると、発祥の地であった[1]持仏堂の南禅院はその塔頭とされた。
明徳4年（1393年）に焼失し、応永27年（1420年）に北山御所の寝殿を移築するが、文安4年（1447年）の南禅寺大火で再び焼失した。応仁の乱以後は荒廃していたが、元禄16年（1703年）に桂昌院（徳川綱吉の母）と円成院禅尼（木下利三の縁者）によって再興された[2]。
現在は宮内庁の管理となっている亀山法皇廟所は、文久の修陵の際に、かつて亀山天皇は大谷本願寺を庇護して勅願寺にしたという言い伝えにより、西本願寺の資金で修復された。また、東本願寺は天龍寺にある亀山天皇陵と後嵯峨天皇陵の修復費用を出している[3]。
1888年（明治21年）には南禅院の前に琵琶湖疏水を流す水路閣が建てられている。
1937年（昭和12年）には将棋の坂田三吉と木村義雄の対局が南禅院で行われている。