Nel 1994 ha sposato la stilista Leonarda Lončar[2], con cui ha avuto cinque figli: Ruža, nata dalla loro relazione, e Marija, Gabrijel, Marta, Rafael, presi in adozione.[3] Nel 2021 la coppia si è separata.[4]
SoprannominatoZvone oZorro[5], Boban cresce calcisticamente nellaDinamo Zagabria, per la quale debutta a soli sedici anni e che lo lancia in patria e in Europa; dopo appena tre anni ne diventacapitano e leader assoluto, arrivando a collezionare 109 partite e 45 gol in sei anni, segnalandosi come uno dei giovani più promettenti d'Europa.
Nel maggio 1990 si verificano idisordini più gravi della storia del calcio jugoslavo: l'incontroDinamo Zagabria-Stella Rossa non può infatti neppure aver inizio perché la baraonda scoppiata sugli spalti delMaksimir assume in pochi minuti dimensioni drammatiche. Quando i giocatori della Dinamo intervengono per cercare di calmare le acque, avviene il fatto più eclatante: Boban colpisce infatti un agente con un calcio volante per proteggere un giovane tifoso croato dalle manganellate della Polizia Federale Jugoslava.[5] La rivolta si spegne solo a tarda notte, con un bilancio di 138 feriti, 147 arresti e danni ingenti sia dentro lo stadio che nelle strade adiacenti, e inasprisce ancora di più i rapporti tra le due nazioni. Boban, dopo aver rischiato l'arresto, viene sospeso per sei mesi dai campi da gioco, fatto che gli impedisce di partecipare ai mondiali in Italia.
Boban in rossonero nel 1993, alle prese con il lazialeGascoigne.
Approda nelcampionato italiano grazie alMilan, che nel 1991 lo acquista per dieci miliardi di lire[6] e lo manda in prestito alBari per farlo ambientare alla nuova realtà: con la squadra pugliese esordisce il 17 novembre 1991 nella partita Bari-Lazio (terminata 1-2), ma nello stesso anno si ammala diepatite A dopo aver mangiato del pesce crudo.[7]
Ritorna al Milan nella stagione 1992-1993 e in rossonero vincerà laChampions League 1993-1994, laSupercoppa UEFA 1994, treSupercoppe italiane e ben quattroscudetti, l'ultimo dei quali nel 1999; è proprio in quest'ultimo campionato che il suo contributo risulta più che mai determinante: è infatti il trequartista che fa la differenza in mezzo al campo, con le sue finte e la sua visione di gioco. Chiude l'esperienza rossonera dopo nove stagioni con un bilancio totale di 251 presenze e 30 gol.
Il 3 agosto 2001 lascia il Milan e si trasferisce alCelta Vigo con la formula del prestito[5] con diritto di riscatto, ritirandosi nell'ottobre successivo dopo due mesi e mezzo[8].
Boban in maglia croata nel 1994, alle prese con l'azzurroBaggio.
Boban ha giocato con lanazionale jugoslava contribuendo a vincere il campionato Under-20 in Cile (competizione in cui ha segnato tre reti, di cui una in finale) e in seguito, dopo la dissoluzione dellaJugoslavia, con quellacroata, con la quale ha partecipato in qualità di capitano all'Europeo 1996 e alMondiale 1998 classificandosi al terzo posto, risultato strepitoso per una nazionale al suo debutto mondiale.
Il 30 maggio 2016 viene nominato vicesegretario generale dellaFIFA per lo sviluppo del calcio e l'organizzazione delle competizioni. Boban è stato fin da subito tra i sostenitori dell’introduzione della tecnologia in campo e ha avuto un ruolo fondamentale nello sviluppo delVideo Assistant Referee. Infatti, durante il Mondiale 2018 giocato in Russia, il primo in assoluto con il VAR, ha vissuto aMosca affiancandoCollina - presidente della Commissione Arbitri FIFA - e Busacca - capo dipartimento arbitri Fifa - avvicinando così il mondo degli arbitri a quello delle istituzioni. Il 14 giugno 2019, dopo tre anni di mandato, rassegna le dimissioni dalla carica.
Il 14 giugno 2019 Zvonimir Boban viene assunto comeChief Football Officer del Milan,[9] ruolo che mantiene per soli 9 mesi: nel marzo 2020 la società lo licenzia per giusta causa[10] con effetto immediato[11] a causa di divergenze tra il CFO stesso e l'amministratore delegatoIvan Gazidis.[12] Nel gennaio 2021 il Tribunale di Milano accerta che Boban non ha commesso alcuna violazione di obblighi contrattuali né divulgato notizie riservate, come sostenuto dal Milan, e condanna la società a risarcirgli il danno determinato in 5,37 milioni di euro[10], in seguito ridotti con sentenza della Corte d'Appello[13].
Nell'aprile 2021 viene nominatoHead of Football dallaUEFA[14][15][16], ruolo che ricopre fino al 25 gennaio 2024 quando decide di dimettersi per alcune divergenze con il presidenteAleksander Čeferin.[17]
A partire dal giugno2025 viene annunciato il suo ingresso nell'organigramma societario dellaDinamo Zagabria[18] e, il successivo 17 settembre è stato nominato presidente, succedendo aVelimir Zajec.[19]