Fondata nel1947, è la più antica squadra di calcio del paese in attività e l'unica ad aver disputato tutte le edizioni del massimo campionato moldavo di calcio. Ha vinto 9campionati e 5coppe nazionali ed è il secondo club più titolato del paese dopo loSheriff Tiraspol.
Il club è stato fondato il 16 maggio1947 col nomeDinamo Kišinëv (Динамо Кишинёв nell'alfabeto cirillico all'epoca in uso). L'esordio nelle competizioni ufficiali fu contro la squadra ucraina del Pișcevik Odessa e venne sconfitta 1-0. Allenatore dei primi tre anni eraSerghei Eriomin[1]. Il primo campionato a cui prese parte era laGrupa B 1948, girone ucraino, dove arrivò al settimo posto[2].
Nel1950 cambiò nome inBurevestnik Chișinău, disputando sempre campionati nella seconda serie fino al1955 quando venne promosso dopo aver vinto il proprio girone con 9 punti di distacco dalla seconda classificata[3]. Restò inKlass A per nove anni consecutivi e il miglior risultato ottenuto è stato un sesto posto nellaKlass A 1956. Nelcampionato successivo è stata l'unica squadra in una partita del campionato sovietico a rimontare da 0-4 a 4-4 nella partita contro loSpartak Mosca[1].
Tra i giocatori è da ricordareVladimir Țincler, unico giocatore moldavo ad essere inserito nella lista dei migliori 33 giocatori del campionato sovietico e che è stato selezionato nella nazionale olimpica del paese[1]. Dopo nove anni venne retrocesso e rimase inseconda serie per altrettanti nove anni prima di disputare nuovamente un campionato di massima divisione, dove rimase però una sola stagione. L'ultimo campionato in prima serie fu quello del1983 al quale seguirono anonimi campionati in seconda e, in due anni, in terza serie.
Con l'indipendenza della Moldavia venne istituito nel1992 il primo campionato di calcio. Delle 12 formazioni partecipanti 5 avevano l'anno precedente giocato nell'ultimo campionato sovietico[4] e lo Zimbru e ilTiligul-Tiras Tiraspol erano le uniche che militavano nella seconda divisione sovietica. Il torneo finì con queste due squadre a pari punti ma il Tiligul rifiutò di disputare lo spareggio scudetto e il titolo andò allo Zimbru[5]. Vinse in totale 8 dei primi 9 campionati (e duecoppe) con l'eccezione dellaDivizia Națională 1996-1997 dove giunse secondo distaccato di 11 punti dalConstructorul Chișinău.
Già nel1999-2000 il campionato era un affare tra il club e loSheriff, capaci di staccare la terza classificata di 16 punti,[6] mentre negli anni successivi la squadra diTiraspol vinse tutti gli scudetti, relegando lo Zimbru a posizioni di rincalzo, vincendo solo tre coppe nazionali. A partire dalla seconda metà del decennio nuove squadre si inserirono nella lotta al vertice e in diverse occasioni il club finì al quarto e al quinto posto.
Il club gioca i suoi incontri casalinghi nelloStadio Zimbru, impianto dotato di 10.500 posti tutti a sedere ed impianto di illuminazione, inaugurato nel 2006. Nei pressi dello stadio si trovano anche i campi di allenamento e la sede dello Zimbru.[7]
A seconda della denominazione assunta, il club ha cambiato i colori sociali e il simbolo. A partire dal1990 la divisa è gialla per le partite casalinghe e verde per quelle in trasferta mentre lo stemma è uno scudo nella cui parte superiore, su sfondo azzurro, è raffigurato un bisonte (zimbru inrumeno) mentre in quella inferiore c'è la scrittaFC Zimbru con strisce giallo-verdi.[8]
Ha partecipato a varie edizioni dellaCoppa UEFA e dellaUEFA Champions League. Nella prima competizione il miglior risultato è il secondo turno raggiunto nell'edizione 1995-1996, mentre nella seconda competizione la migliore prestazione risale alle edizioni1999-2000 e2000-2001, quando lo Zimbru raggiunse in entrambe le circostanze il terzo turno preliminare dellaChampions League.
Nella stagione 2014-15 viene eliminato ai play-off di qualificazione dell'UEFA Europa League per mano dei greci delPAOK.[9]