Nato Walter Luján, cambiò il suo cognome originario (ereditato dal padre biologico che lo aveva abbandonato) in Samuel, quello del suo padre adottivo.[2]
Difensore centrale, era soprannominatoThe Wall ("il muro"). Considerato da molti uno dei difensori più forti dei primi anni duemila, aveva nelle sue caratteristiche predilette l'aggressività con la quale attaccava gli avversari sin dall'inizio della partita, ma sempre con disciplina sportiva. Fisicamente possente, per questo non velocissimo, ma discreto nello stacco da terra e nel gioco aereo. Di piede sinistro, effettuava precisi cross che tagliavano il centrocampo. Non disdegnava il gol, avendo un trascorso nelle giovanili come attaccante.
Samuel alla Roma, pressato da un avversario barese, nel campionato 2000-2001.
Inizia la carriera nelNewell's Old Boys dove gioca per due stagioni per poi passare alBoca Juniors, nel quale rimane per tre stagioni fino al 2000, anno in cui vince laCoppa Libertadores. Nella stagione 2000-2001 viene ingaggiato dallaRoma, che compra il suo cartellino per 34 miliardi di lire.[3]
Nella squadra giallorossa resta quattro anni vincendo, già al primo anno, unoscudetto e unaSupercoppa italiana, guadagnandosi al contempo il posto fisso in nazionale. Diviene un pilastro fondamentale per la difesa romanista, esprimendosi già come uno dei migliori difensori d'Europa.[4]
Nella stagione 2004-2005 viene ceduto alReal Madrid per 25 milioni di euro.[5][6] NellaLiga gioca 30 partite mettendo a segno 2 gol, ma non riesce ad esprimersi sui suoi consueti livelli.[7]
Nell'estate 2005 si trasferisce all'Inter per 16 milioni di euro.[6][8] Il 20 agosto scende in campo a Torino nellaSupercoppa italiana vinta contro laJuventus[9], ricevendo poi una squalifica tramite la prova televisiva per un presunto sputo aNedvěd[10]: pur rimarcando l'involontarietà del gesto[11], complice una moviola che evidenziò come il ceco non fosse in realtà stato colpito[12], i ricorsi presentati dalla società milanese furono respinti.[13] Scontato lo stop di 3 turni[14], riprese a giocare il 21 settembre realizzando un gol decisivo contro ilChievo.[15]
Samuel in allenamento all'Inter nel precampionato 2009-2010.
Durante il primo biennio a Milano si aggiudica due campionati – il primo dei quali a tavolino per le sentenze relative aCalciopoli –,[16] una Coppa Italia e un'altra Supercoppa italiana (entrambe nel 2006).
Il 23 dicembre 2007, nella partita contro ilMilan valevole per la 17ª giornata dellaSerie A 2007-2008, subisce un grave infortunio al ginocchio sinistro[17] che lo tiene lontano dai campi di gioco per il resto della stagione. Con l'Inter vince comunque anche questoscudetto. Rientra il 9 novembre 2008, giocando da titolare la partita Inter-Udinese (1-0)[18] e festeggiando a fine stagione il quarto scudetto consecutivo con la maglia nerazzurra.
Nellastagione 2009-2010 tocca quota 100 presenze con l'Inter in Serie A (il 24 aprile 2010 contro l'Atalanta) e contribuisce alla conquista dello storicotriplete, vincendo il 5 maggio la sua seconda Coppa Italia nella sfida contro la Roma, il 16 maggio il suo sestocampionato italiano (il quinto consecutivo con la maglia dell'Inter) e il 22 maggio la sua primaChampions League, nella finale disputata allostadio Santiago Bernabéu contro ilBayern Monaco. Il 21 agosto vince la sua quintaSupercoppa italiana contro la Roma.
Il 6 novembre 2010, nella partita di campionato contro ilBrescia, si infortuna gravemente procurandosi una lesione del legamento crociato anteriore e del collaterale esterno del ginocchio destro.[19] L'infortunio, oltre a tenerlo fuori per larga parte della stagione, gli impedisce di essere convocato per laCoppa del mondo per club.[20] Torna in campo il 15 maggio 2011, a 190 giorni dall'infortunio, nella partita contro ilNapoli, subentrando al minuto 77 adAndrea Ranocchia.[21] Il 29 maggio 2011 conquista la sua terzaCoppa Italia, non prendendo tuttavia parte alla finale.
Samuel in maglia interista nella stagione 2011-2012.
Il 5 febbraio 2012, in occasione diRoma-Inter 4-0, gioca la sua partita numero 500 da professionista con i club. Il 7 ottobre 2012, nella stracittadina di andata vinta dall'Inter per 1-0 con un suo gol di testa al 3' del primo tempo, Samuel conquista il record di 10 vittorie su 10 presenze nelderby di Milano in Serie A.[22] Fino a quel momento, senza di lui l'Inter ne aveva persi 5 e pareggiato uno.[23]
Il 15 febbraio 2014 indossa per la prima volta la fascia dicapitano in Fiorentina-Inter 1-2 dato cheJavier Zanetti edEsteban Cambiasso sono in panchina.[24] Lascia l'Inter al termine delcampionato 2013-14 in cui ha segnato due reti. In tutto con i nerazzurri ha disputato 236 partite e segnato 17 gol e vinto 13 trofei in 9 anni.
Il 23 luglio 2014 si accorda con ilBasilea.[25] Fa il suo debutto con il club svizzero alla settima giornata di campionato giocando titolare nella vittoria interna avvenuta per 3-1 contro loYoung Boys, e segna il suo primo gol con la maglia del Basilea il 29 maggio 2015 nell'ultima giornata di campionato contribuendo alla vittoria finale giunta per 4-3 contro ilSan Gallo terminando la sua prima stagione svizzera con un totale di 18 presenze e una rete.
Il 16 ottobre del 2015 annuncia il suo ritiro dal calcio giocato al termine della stagione, a causa di numerosi problemi fisici legati ai tanti anni di attività.[26] Si ritira ufficialmente al termine della stagione 2015-2016, giocando la sua ultima partita il 25 maggio 2016 nella sconfitta per 0-1 contro ilGrasshopper.[27] In tutto con il Basilea mette insieme 44 partite e 3 gol.
Complessivamente, in vent'anni di carriera tra club, nazionale maggiore e nazionali giovanili ha giocato oltre 700 partite e segnato 45 gol.
Per la nazionale argentina di categoria Under-20 ha vinto, nel1997 inMalaysia, la Coppa del mondo di categoria.
Dal 1999 al 2010 ha fatto parte della nazionale maggiore argentina, segnando un gol contro il Venezuela in amichevole, al suo esordio. È stato convocato per due edizioni delcampionato del mondo (2002 e 2010), per laConfederations Cup nel 2005 (secondo posto) e per laCopa América 1999. Ha totalizzato 56 presenze e ha realizzato 5 gol inalbiceleste.
Samuel (al centro) collaboratore tecnico della nazionale argentina nel 2022, mentre dà istruzioni aMartínez Quarta eBuendía.
Terminata la carriera agonistica, inizia come osservatore per l'Inter nell'estate 2016.[28] Dal 15 novembre al 9 maggio 2017 collabora con lo staff dell'allenatoreStefano Pioli, quindi dal 14 maggio ritorna nel ruolo di osservatore.[29]
Il 21 giugno seguente viene ingaggiato come vice diPierluigi Tami sulla panchina delLugano.[30] Lascia l'incarico l'8 aprile 2018, a seguito dell'esonero del tecnico ticinese.
Il 24 agosto 2018 Samuel entra a far parte dello staff diLionel Scaloni come collaboratore tecnico dellanazionale argentina.[31] Nella stagione 2019-2020 partecipa al corso per allenatori di Prima Categoria - UEFA Pro.[32]