Le prime testimonianze dell'abitato originario di Villa Estense sono documentate da alcuni ritrovamenti di epoca romana, rimase attivo fino alla caduta dell'Impero Romano. Con le invasioni barbariche se ne persero le tracce fino al ritrovamento del precedente toponimo, Villa di Villa, nome con il quale l'abitato era conosciuto sino al1867. Esso compare nel1077 nell'elenco dei beni di conferma dell'imperatoreEnrico IV adUgo eFolco I d'Este. Da questa data i riferimenti all'abitato si susseguono legati a successive donazioni e conferme; il 4 dicembre1139 nella donazione diAzzo V eFolco I d'Este almonastero di Santa Maria delle Carceri, il 12 aprile1140 in una donazione del marchese Bonifacio allo stesso Monastero, nel1148 in una conferma dipapa Lucio II su possedimenti di Santa Tecla D'Este, il 19 aprile1177 in un'altra conferma dell'imperatoreFederico Barbarossa almonastero di Santa Maria della Vangadizza. Da quest'ultimo documento si determina l'allora estensione della pieve, la quale comprendeva gli abitati di Carmignano, Passiva, Ancarano, Corezzo e Finale, come confermato da un successivo documento recante la transazione traAzzo VII d'Este ed il comune diPadova.
Nel luogo dove ora sorge l'attuale parrocchiale nelXIII secolo vi era una canonica di Sant'Andrea retta daiportuensi e successivamente un monastero dell'Ordine deibenedettini di cui si trova traccia in unadecima papale del1297.
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con regio decreto del 13 ottobre 1927.[5]
«D'azzurro, allatorre quadrata merlata d'argento, mattonata di nero, finestrata del campo, con unacampana battagliata al naturale; capo d'oro, all'aquila dal volo spiegato di nero. Corona da Comune.»
È rappresentata l'antica torre esistente a Villa di Villa (l'odierna Villa Estense) fino al 1865 poi adibita a campanile; il capo dell'Impero vuole ricordare l'origine romana del paese.[6]
Chiesa di Santa Colomba e Sant'Andrea: edificata su una preesistente chiesa dedicata asant'Andrea risalente alXVII secolo assunse la funzione di parrocchiale incorporando la dedica diSanta Colomba originariamente assegnata ad un edificio religioso scomparso. L'ultima testimonianza di quest'ultimo risale ad un rialzo del terreno che recava una croce in trachite a sua memoria. L'attuale aspetto, di una solanavata e sette altari, si deve ad una ricostruzione operata all'inizio delXIX secolo, quando il senato dellaRepubblica di Venezia con un decreto del 27 aprile1793 cedette agli abitanti la parrocchiale oramai fatiscente. Il campanile risale al1894 ed edificato su quello precedente abbattuto nel1865. Accanto alla vecchia costruzione vi era un Oratorio di Sant'Antonio dei Pellegrini con annesso ospedale gestito dallaFraglia dei Batù[7].
Chiesa di Santa Rantua: situata in località Grompa, è stata edificata nella prima volta nel1364 per volere diUbertino da Grompo e ristrutturata più volte negli anni sino a raggiungere l'odierno aspetto nelXVI secolo. Probabilmente deve il nome ad una storpiatura di santa Rotunda.
Oratorio di Santa Giustina: annesso alla Villa Descalzi, Trevisan-Rovere, Fornasiero, in località Mottarelle, anch'esso risalente alXVI-XVII secolo.
Cappella- Oratorio di S.Giuseppe in stile manierista, annesso a Palazzo San Bonifacio Ardit. Consacrato nel MDXCVII, è luogo di culto e tomba di famiglia, vi sono sepolti Fabio e Antonio Maria San Bonifacio, Caterina Colloredo Mels moglie di Elia Polcenigo e Fanna Sambonifacio, quattro generazioni della famiglia Ardit.
Palazzo San Bonifacio - Ardit: in origine proprietà della famiglia San Bonifacio, venuta in possesso di alcuni terreni e di un rivellino nell'allora Villa di Carmignano poi Villa di Villa, per l'antica alleanza con la Casa d'Este e per il doppio matrimonio tra Lodovico III San Bonifacio con Francesca da Fogliano vedova de'Terzi e i rispettivi figli Marco Regolo e Margherita, che consentì di acquisire per linea femminile il feudo di Villa Bartolomea. Costruito nella II a metà del Cinquecento da Ercole San Bonifacio del ramo di S.Agata in Padova, l'edificio è contornato da un ampio giardino abbellito da statue (Margolato, Rizzardo, Grassa, Lodovico III San Bonifacio e Augusto imperatore romano) e cinto da mura con cancelli in ferro battuto. Il cancello d'ingresso è fiancheggiato da due pilastri sormontati da due statue raffiguranti Minerva e Marte. [Archivio San Bonifacio Polcenigo e Fanna, ora Ardit di Villa Estense]
Palazzo Valentinelli: precedente sede municipale.
Villa Descalzi, Trevisan-Rovere, Fornasiero: sita in località Mottarelle, la costruzione è risalente alXVI-XVII secolo e sorta su una preesistente rocca.
Villa Grompo-Pigafetta, Bettanin detta "Il paradiso": edificio risalente al tardoXVII secolo sito in località Grompa, in prossimità dell'argine sinistro del canale Masina, che risulta essere l'ampliamento di una precedente costruzione delXVI secolo. È costituito da un corpo centrale con funzioni abitative e duebarchesse laterali che avevano originariamente funzione di abitazione dei lavoratori e di stalla, le quali racchiudono un'ampia corte. La parte centrale è abbellita da un piccolopronao recante lo stemma del casato. Verso la fine delXVIII secolo venne costruito un ulteriore edificio dalla facciata completamente porticata destinata unicamente ad attività agricole.
Museo civico dei villaggi scomparsi: legato al territorio che lo circonda, il museo è dedicato alla documentazione di tutti quei villaggi della Bassa Padovana che, pur avendo avuto una certa importanza nel passato, per varie vicissitudini storiche si sono spopolati arrivando ad essere abbandonati definitivamente, particolarmente nelXIV eXV secolo, senza più ripopolarsi.
Monumento ai caduti opera dello scultore estense Gino Vascon. Nel monumento è stato aggiunto un cippo/scultura in memoria di Nella Pastorello, partigiana uccisa nel 1944 nel vercellese[8].
Pur essendo situata nell'entroterra Villa Estense si trova a pochi chilometri dallastatale SS16Adriatica e dallaautostrada A13, della quale i più vicini caselli autostradali sonoMonselice verso nord e Boara verso sud.
Nel1993 viene introdotta l'elezione diretta del sindaco da parte dei cittadini, secondo quanto riportato nellalegge n. 81 del 25 marzo dello stesso anno. Di seguito vengono riportati i sindaci di Villa Estense dal1995 ad oggi.[10]
Giulio Genta ,Villa Estense nella sua storia; a cura del Comitato Patronato O.N.M.I. ; (s.l.) , a. VI E.F. (1928)
Dino Schiesari ,Storia di Villa Estense e del suo territorio; Libreria Editrice Zielo - Este, 1978
AA.VV. ,Chi siamo (Villa Estense); Il Mattino di Padova editore - Padova, 1979
Il Veneto paese per paese, Casa Editrice Bonechi, Firenze, 1997
Villa Estense il sudore della terra; Nel bicentenario della nascita di Giuseppe Valentinelli, a cura di Bruno Caramore; Gruppo Bassa Padovana c/o Museo Civico Etnografico di Stanghella (PD), 2005.
Nino Agostinetti ,Giuseppe Valentinelli . Amministrazione Comunale di Villa Estense, 1989.
Rodolfo Temporin ( a cura ),La Chiesa della Beata Vergine Assunta del Pilastro -1505 -2005 ,Villa Estense ,2005.
Rodolfo Temporin,Villa Estense la terra dei nostri avi. Storia di chiese scomparse e di chiese mutate nel tempo : Santa Colomba di Ancarano (sec.XI -XV) ; Santa Rantua (1364 - 2008) ; Monastero di S. Andrea di Carmignano (sec. XI - XVIII), Pro Loco di Villa Estense, 2008 .
Angelo Ferro - Bruno Caramore,Villa di Villa . Cognomi e Soprannomi di una piccola comunità.Villa Estense - MMXII - Quaderni di storia locale del Gruppo Bassa Padovana , collana Melagrana n.1 - Museo Civico dei Villaggi Scomparsi - Villa Estense, 2012.
Angelo Ferro,Vittorio Abriani .Il Maestro. Biografia di un uomo e di un educatore vissuto a Villa Estense fra il 1882 e il 1934. Quaderni di storia locale del Gruppo Bassa Padovana , collana Melagrana n. 2. Museo Civico dei Villaggi Scomparsi - Villa Estense ,(s.d.)
Vincenzo Contegiacomo ( a cura ) ,Marciare bisognava ... Villa Estense nella Grande Guerra. Testi di Luigi Contegiacomo, Vincenzo Contegiacomo, Angelo Ferro , Studenti e Insegnanti dell'Istituto Comprensivo. Comune di Villa Estense, 2015.
Agostino Merlin - Angelo Ferro ( a cura ),Villa Estense nel '900 . I luoghi e la sua gente. Storia , tradizioni , usi e costumi attraverso lafotografia. Quaderni di storia locale del Gruppo Bassa Padovana , collana Melagrana n.3 - Museo Civico dei Villaggi Scomparsi - Villa Estense MMXIV.
Aa.Vv.,Museo Civico dei villaggi scomparsi - Catalogo guida . Gruppo Bassa Padovana MCMXCIX..
Maria Cristina Rossin Ardit, "Il palazzo San Bonifacio di Villa Estense", Galileo-Rivista del Collegio degli Ingegneri n.133/2000, Padova
Maria Cristina Rossin Ardit, "Villa Grompo", Galileo-Rivista del Collegio degli Ingegneri n 144/2001, Padova
Maria Cristina Rossin Ardit, "Il palazzo di Villa Estense", in Ventaglio 90 n.50, ed.Turismo &Cultura, Rovigo 2015
Personaggi illustri
Valentinelli Giuseppe, (Ferrara 1805 - Villa Estense 1874). Sacerdote, bibliotecario e bibliografo. Autore di numerose opere tra le quali:Bibliografia dalmata (1845);Della biblioteca del Seminario di Padova (1849);Bibliografia della Dalmazia e del Montenegro (1855);Bibliografia del Friuli (1861) e dei manoscritti della Marciana inBibliotheca manuscripta ad S. Marci Venetiarum (incompleta, 1868-73) , di cui divenne Prefetto fino alla morte.
Cavazzani Emilio , ( Villa Estense 18 / 5 / 1865 - Ferrara 1 / 12 / 1922). Medico. Autore di numerosi studi in campo neurofisiologico fu professore di fisiologia umana presso l'Università di Ferrara per poi passare nel 1910 con lo stesso incarico a Modena.