Fondato nel1913, per gran parte della sua storia, il Caen è stato uno dei principali club amatoriali francesi. Tuttavia, tra la fine deglianni ottanta e l'inizio degli anninovanta si assistì alla sua ascesa nella gerarchia del calcio francese. Nel 1985 il Caen ottenne lo statuto professionale e nel giro di tre stagioni, fu promossa per la prima volta inprima divisione. Nel 1992, pochi mesi dopo essersi salvatoin extremis dalla bancarotta, il club finì quinto inmassima serie, qualificandosi per la prima volta inCoppa UEFA. Tuttavia, il club è stato retrocesso tre anni dopo, tornando nell'anonimato in seconda divisione. Soltanto sotto la presidenza di Jean-François Fortin, dal 2002, e sotto la direzione sportiva di Patrick Rémy, Franck Dumas e poi Patrice Garande, il Caen ha ritrovato il successo sportivo. Il club è stato promosso più volte inLigue 1, ha raggiunto la finale dellaCoupe de la Ligue nel 2005 e si è classificato 7º in Ligue 1 nel2015-2016.
La dicituraMalherbe che compare nel nome della società è in onore diFrançois de Malherbe, storica personalità della città diCaen. Di famiglia nobile, egli fu il poeta di corte delre di FranciaEnrico IV e continuò a restare a corte anche dopo la morte di quest'ultimo, svolgendo pure la funzione di tesoriere diFrancia.
La società nacque nel1913 in seguito alla fusione tra l'Union Athlétique du Lycée Malherbe e ilClub Sportif Caennais mantenendo i colori rossoblù di quest'ultimo. La fusione produsse subito un titolo nel campionatoBassa Normandia USFSA (1914), ma la squadra venne falcidiata dalle conseguenze dellaprima guerra mondiale, dove perirono tanti giocatori e dirigenti. Nel1917 il club partecipa per la prima volta allaCoppa di Francia.
Il1934 vede la creazione del settore professionistico che però dura solamente 4 anni. Glianni cinquanta sono ricordati soprattutto per le belle partite inCoppa di Francia durante le quali la squadra normanna si toglie alcune soddisfazioni contro gruppi più blasonati. Segue un lungo periodo che vede stazionare i rossoblù tra laseconda e laterza divisione senza grandi clamori.
La svolta avviene negli anni ottanta con l'arrivo di Pierre Mankowski che guida la squadra verso la fantastica promozione inseconda divisione del1984 e ottiene i sedicesimi di finale inCoppa. La società diviene professionistica nel1985 consolidandosi nella serie cadetta fino al1988, quando conquista la sua prima storica promozione nellamassima serie. L'avventura in prima divisione è subito difficile ma dura ben 7 stagioni con la punta massima del 5º posto in campionato nel1992, dei quarti inCoppa di Francia e della partecipazione allaCoppa UEFA. Nel frattempo viene inaugurato il nuovo stadioMichel d'Ornano che prende il posto del vecchioVenoix.
Dopo un'altra brevissima parentesi inprima divisione (1996-1997), il club resta inseconda divisione per sette anni risentendo delle ristrette risorse finanziarie. Nascono nuovi talenti comeWilliam Gallas, Jérôme Rothen, Mathieu Bodmer, ecc.
Lastagione 2003-2004 parte con un basso profilo e decisamente male, ma termina con la terza promozione inLigue 1. La successiva annata, che riporta i normanni nella serie cadetta nonostante i ben 42 punti totalizzati, vede il raggiungimento della finale diCoppa di Lega, persa 2-1 contro loStrasburgo. Il purgatorio finisce due anni dopo nel2007, con il ritorno inLigue 1 per la quarta volta.
NellaLigue 2 2009-2010 il Caen viene promosso nel massimo campionato francese classificandosi come primo. Dopo due anni di permanenza inLigue 1 il Caen ritorna inseconda divisione classificandosi 18ª nella stagione2011-12. Dopo la stagione2012-2013 che si era conclusa con un quarto posto ad un passo dalla promozione, il Caen si presenta molto in forma all'apertura della stagione2013-2014 vincendo tutte e prime le tre partite di campionato e pareggiando la quarta; risulta anche essere la squadra più prolifica sotto rete, realizzando nove gol nelle prime quattro giornate. Alla fine della stagione il Caen torna in Ligue 1, essendosi piazzato terzo con 64 punti, a -1 dal secondo posto occupato dalLens e a +3 sulNancy.
Nella stagione di2014-2015 la squadra mette a segno due grandi colpi: nel mese di febbraio trionfa in casa dell’Olympique Marsiglia per 3-2 dopo che al 70º minuto era sotto di due reti. Qualche giornata più tardi pareggia per 2-2 in casa delPSG con due gol arrivati ben oltre il 90º minuto.
L'annata2015-2016 è la migliore della storia recente del club, dato che si conclude ad un passo dalla zona europea, con un ottimo 7º posto. Tuttavia le stagioni seguenti (2016-2017 e2017-2018) si rivelano molto difficili, con la salvezza conquistata solo all’ultima giornata in entrambi i casi. Anche la stagione2018-2019 vede il club stazionare in piena zona retrocessione per quasi tutta la durata del campionato, con la squadra che si gioca, nuovamente, la permanenza nella massima serie all’ultima giornata; tuttavia il Caen, che occupa la 18ª posizione (valida per lo spareggio contro la vincente dei play-off diLigue 2), perde l’ultima occasione contro ilBordeaux per 1-0 ed ilDigione, vincente per 2-1 contro ilTolosa, condanna il club della Normandia alla retrocessione inLigue 2.
Nel 2020 il produttore audio televisivo Pierre-Antoine Capton e il fondo americanoOaktree rilevano la totalità delle azioni del Caen.[3] Nel 2024 le quote di Oaktree sono state acquistate da Interconnected Ventures, società che fa riferimento al calciatore franceseKylian Mbappé, attraverso Coalition Capital.[4]
Lo stadio dove lo Stade Malherbe de Caen gioca le proprie partite è ilMichel d'Ornano, in ricordo di un politico francese.
Terminato di costruire nel1993 in coincidenza con gli 80 anni dalla nascita della società, ha sostituito il vecchio impiantoVenoix che non soddisfaceva più le norme dellaFederazione di calcio francese così come le esigenze del club.Moderno, con le tribune a ridosso del terreno di gioco, il nuovo impianto può ospitare 21.500 spettatori ed è costato poco più di 20 milioni di euro.
Il record di affluenza (20 972 spettatori) si è avuto per la sfida contro l'Olympique Marsiglia del2004.