Fondata nel 1546, è una delle prime città fondate in Brasile. Possiede uno dei migliori indici di sviluppo e tenore di vita del paese, ed attrae molti turisti sia per la vicinanza con San Paolo sia per il clima tropicale umido, con estati calde e piovose ed inverni miti.
La città di Santos si estende sia sulla parte orientale dell'isola di São Vicente, sia sul continente, dove quasi tutta l'area è di Mata Atlântica (foresta pluviale atlantica). Si trova a 79 chilometri dalla città diSan Paolo del Brasile.
L'isola di São Vicente fu scoperta daAmerigo Vespucci nel1502 durante la perlustrazione delle coste brasiliane così ribattezzata in onore dell'onomastico. L'area rimase fuori dai progetti di colonizzazione a causa dello scarso interesse dimostrato dalla corona portoghese per questa parte del Brasile fino a quando, a causa del declino dei commerci con il subcontinente indiano, il reGiovanni II del Portogallo decise di potenziare lo sfruttamento delle colonie sudamericane. Così, nel1531, il navigatoreMartim Afonso de Sousa raggiunse nuovamente l'area dell'odierna città di Santos e v'incontrò un piccolo insediamento fondato dall'esiliato (degredado) Cosme Fernandes, che sarà prontamente espulso e che l'anno seguente ritornerà e saccheggerà il porto. Nel1543 ilfidalgoBrás Cubas, che aveva trasferito l'abitato dall'odierna area di Ponta da Praia a quella più sicura di Enguaguaçu, costruì un ospedale chiamatoSanta Casa de Misericórdia de Todos os Santos. Di conseguenza l'abitato di Enguaguaçu prese il nome diTodos os Santos (Ognissanti) e, nel1546, fu ufficialmente fondata da Cubas. Nel1550 fu aperta la locale dogana. Nel1591 Santos fu saccheggiata dal pirata ingleseThomas Cavendish.
Con l'apertura nel1867 della ferrovia di San Paolo, che univa il porto di Santos conJundiaí e l'area delle piantagioni di caffè, l'economia e l'importanza stessa della cittadina costiera crebbero drasticamente. Santos divenne la principale porta d'accesso non solo per lo stato paulista, ma per tutta la nazione brasiliana, con migliaia d'immigrati, principalmente italiani e giapponesi, che si riversavano in città per poi raggiungere le cittadine dell'interno e le piantagioni. L'aumento improvviso della popolazione causò anche gravi problemi in materia di sanità ed igiene pubblica, ne fu un chiaro esempio l'epidemia di febbre gialla che funestò la città nel1889. La grande piovosità favoriva la proliferazione di mosche che causavano le epidemie, la città ha quindi costruito i canali per il drenaggio delle acque piovane, che oggi sono un simbolo di Santos.
Borsa del Caffè, inaugurata nel1922 in occasione del centenario dell'indipendenza del Brasile, fu costruita in stile eclettico e ospitava al suo interno i locali dove veniva negoziato il prezzo del caffè. Abbandonato negli anni '70, dal1998 ospita al suo interno il Museo del Caffè.
È la città di una delle squadre di calcio più famose del paese, ilSantos Futebol Clube, conosciuta come la squadra dove ha giocatoPelé per quasi tutta la sua carriera calcistica e in cui è cresciutoNeymar fin dalle giovanili. Conta con altre due squadre di minore importanza, laPortuguesa Santista ed ilJabaquara.
«Alla Città di Santos» — Elenco delle ricompense conferite ai benemeriti in occasione del terremoto calabro-siculo 28 dicembre 1908 con RR. decreti 7 e 21 luglio, 9 agosto, 23 settembre 1910; 23 febbraio, 16 marzo, 27 maggio 1911, in Gazzetta Ufficiale del Regno d'Italia n. 130 del 30 giugno 1911