Nacque adAlmansa nellaprovincia di Albacete (nella comunità diCastiglia-La Mancia), settimo figlio di José Bernabéu Ibáñez (1865-1915), avvocato nativo diOntinyent e amministratore delle proprietà del marchese di Villafuerte e della contessa di Montealegre, e di donna Antonia de Yeste Núñez (1861-1911), di origine cubana. La sua famiglia si trasferì a Madrid quando lui era molto giovane. Suo fratello maggiore,Antonio, fu tra i fondatori delBologna.
Dall'età di 13 anni cominciò a giocare nella squadra juniores del Real Madrid; passato nella prima squadra giocò come attaccante e fu capitano per molti anni prima di ritirarsi come giocatore nel1927. Rimase nel club fino allo scoppio dellaguerra civile spagnola, ricoprendo diversi incarichi gestionali e tecnici compreso quello di allenatore. Nel1939, alla fine della guerra in cui aveva combattuto con le forze nazionaliste diFranco, ritornò al Real Madrid. La vecchia amministrazione si era dispersa e, per di più, il club leader era l'Atlético Madrid (ribattezzato Athletic Aviación). Bernabeu passò molti mesi a cercare di contattare i vecchi giocatori, dirigenti e soci del club.
Il 15 settembre 1943, dopo le violenze dei tifosi a seguito di una vittoria del Real Madrid sulBarcelona,[3] il governo impose una soluzione salomonica costringendo i presidenti di entrambi i club a dimettersi e Bernabéu venne eletto presidente del Real Madrid, carica che ricoprirà per 35 anni fino alla sua morte. Bernabéu ristrutturò il club a tutti i livelli, dando ad ogni sezione e livello del club un team tecnico indipendente e reclutando persone ambiziose e visionarie comeRaimundo Saporta.
È stato il promotore della costruzione del nuovo stadio aChamartín, terminato nel1947, ribattezzatoStadio Santiago Bernabéu in suo onore il 4 gennaio1955,[4] all'epoca il più grande stadio d'Europa. In quegli anni venne realizzata anche laCiudad Deportiva, pensata affinché i giocatori potessero allenarsi senza logorare il manto dello stadio. Infine, intraprese la strategia ambiziosa di acquistare giocatori di classe mondiale provenienti dall'estero, quali l'argentinoAlfredo di Stéfano e l'unghereseFerenc Puskás, costruendo la prima vera squadra multinazionale al mondo.
Nel 1955, prendendo spunto dall'idea proposta dal giornalista deL'ÉquipeGabriel Hanot e basandosi sullaCoppa Latina (all'epoca il più importante torneo europeo in cui si affrontavano i club campioni nazionali di Francia, Spagna, Portogallo e Italia), Bernabéu si incontrò all'Hotel Ambassador diParigi con Ernest Bedrignan eGusztáv Sebes: l'incontro fu la base per creare una sorta di torneo informale fra squadre designate, che si sviluppò nel tempo nella Coppa dei Campioni, attualeUEFA Champions League.