Il fiume sgorga dalla catena montuosa delFichtelgebirge tra Zell eWeißenstadt sul versante nord-occidentale del Großer Waldstein. La sorgente ufficiale si trova a 707 ms.l.m.. Una lastra con l'iscrizione "Sorgente della Saale, controllata dalle città di Münchberg, Schwarzenbach, Hof, Weißenfels, Halle. 1869" è attaccata all'antico foro di entrata di un tunnel minerario, rivestito di blocchi di granito grezzo. L'iniziativa di convertire il foro della bocca nella sorgente ufficiale della Saale partì dalla città diMünchberg, e le altre città menzionate contribuirono ai costi. L'intera area è ora unmonumento naturale protetto.
Tra Zell eHof, sull'altopiano di Münchberg, il fiume scorre lentamente. Tra la confluenza del Tannbach e del Selbitz forma il confine tra laBaviera e laTuringia, un tempo parte della "cortina di ferro". Passa poi attraverso le montagne di ardesia della Turingia. Lì la Saale è arginata più volte; i più grandi in una cascata di cinque stadi sono i bacini Hohenwarte e Bleiloch.
L'area del corso medio della Saale inizia a Kaulsdorf-Weischwitz, quando il fiume emerge dalle montagne di ardesia della Turingia e rompe le piastre marginali del bacino della Turingia. Lì bagnaSaalfeld/Saale,Rudolstadt eJena
ANaumburg la Saale riceve l'Unstrut, il suo secondo affluente più lungo (192 km).
Dopo aver lasciato il parco naturale Saale-Unstrut-Triasland aWeißenfels, il corso inferiore della Saale attraversa un pianoro toccando le città di Weißenfels,Bad Dürrenberg,Merseburg eHalle (Saale).
A sud di Halle si trova la pianura alluvionale di Saale-Elster, e nell'area urbana di Halle ci sono alcune isole rocciose, come Giebichenstein con le rovine del suo castello. Sotto Halle, il fiume passa le ripide attraverso le cosiddetteAlpi diBrachwitz le rocce arenarie diRothenburg eBernburg (Saale).
Si immette nell'Elba aBarby.