Il club nasce ufficialmente il 5 maggio 1948 col nome diSeptemvri pri CDV dall'unione delSeptemvri Sofia con laCentralnia Dom na Voiskata.
Le lontane origini risalgono al 28 ottobre 1923 quando dalla fusione delle società calcisticheAtletik Sofija eSlava Sofija, sotto il patrocinio del ministero della guerra, venne creata la società AS-23, abbreviazione diSporten Klub Atletik Slava 1923, vincitrice di un campionato nel1931 allora denominato "Dăržavno părvenstvo po futbol" (Coppa di Stato di Calcio), e di unaCoppa dello Zar nel1941.
La squadra giocava le sue partite casalinghe all'Atletik Park, ultimato nel 1938 che sorgeva dove attualmente si trova lo stadio Bǎlgarska Armija.[2]
Il 9 novembre 1944 dalla fusione tra l'AS-23 con loŠipka Pobeda e loSpartak Poduene venne costituito loČavdar Sofia, che nel febbraio1948 divenneCentralniaDom naVoiskata (Casa Centrale dell'esercito) conosciuta con l'acronimoCDV, e con la fusione del maggio 1948 diede vita al "Septemvri pri CDV", squadra che giocò la sua prima partita il 19 maggio 1948, contro loSlavia Sofia pareggiando 1-1. Nello stesso anno vinse il suo primocampionato battendo nella finale glieterni rivali delLevski Sofia, in quella che fu l'ultima edizione delcampionato bulgaro con la denominazione di "Severobulgarska".
Con la riforma dei campionati, la nuova denominazione del campionato bulgaro nellastagione 1948-49 divenne "Republikanska futbolna divizija" (Divisione Calcio Repubblicana) con l'introduzione del girone unico nazionale formato da 10 squadre. In quel campionato il Septemvri Sofija venne separato dal CDV, che ereditò il titolo sportivo del Septemvri pri CDV.
Nel1950 il campionato bulgaro cambiò denominazione in "A Republikanska futbolna grupa" e nello stesso anno anche il Septemvri pri CDV cambiò nome inNarodna Vojska (Esercito Popolare) per poi ricambiarlo inCentralenDom naNarodnataVoiska (Casa Centrale dell'Esercito Popolare), abbreviato con l'acronimoCDNV, nel1951.
Neglianni cinquanta la squadra vinse 9 titoli nazionali e 3Coppe di Bulgaria, vincendo entrambi nel 1951, nel 1954 e nel 1955. Nel1953 la squadra cambiò la sua denominazione inOtbor na Sofijskija Garnizon (Squadra della Guarnigione de Sofía), che venne nuovamente cambiata nel1954 inCentralenDom naNarodnataArmija (Casa Centrale dell'Armata Popolare), abbreviato inCDNA, denominazione che mantenne fino al1962.
Neglianni sessanta il CDNA continuò la scia di vittorie del decennio precedente, vincendo 4 campionati e 3 Coppe. In ambito europeo partecipa alla Coppa dei Campioni nel1960-61, dove eliminò nel primo turno laJuventus, ribaltando con un 4-1 casalingo il 2-0 subito nell'andata aTorino, e nel1961-62, fermandosi al primo turno.
A seguito della fusione con la societàDSO (DobrovolnaSportnaOrganizacija) Červeno Zname (Organizzazione Sportiva Volontaria Bandiera Rossa), nel 1962, la denominazione venne cambiata inCentralenSportenKlub naArmijata Červeno Zname (Club Sportivo Centrale Bandiera Rossa dell'Esercito), abbreviato inCSKA Červeno Zname.
NellaCoppa dei Campioni 1966-1967 il CSKA compie il suo massimo cammino in una competizione europea raggiungendo le semifinali, dove venne eliminato dall'Inter.[3] La squadra italiana vinse 1-0 la partita di spareggio, dopo che entrambe le partite si erano concluse sull'1-1. Verso la fine del decennio venne ingaggiatoPetăr Žekov,scarpa d'oro nel1969 e capocannoniere del campionato per quattro volte con il CSKA.
Nel1968 il CSKA si fuse dopo diciannove anni di nuovo con ilSeptemvri Sofija, che nel1960 riuscì a vincere una Coppa di Bulgaria, cambiando la denominazione inCSKA Septemvrijsko Zname (CSKA Bandiera di Settembre), unione che sarebbe durata fino al1988, anno in cui il Septemvri Sofija tornò ad essere definitivamente indipendente.
Il CSKA nel 1973
All'inizio deglianni settanta il CSKA vince 3 titoli consecutivi tra il1971 e il1973. Nel1973 partecipa allaCoppa dei Campioni dove viene eliminato dai futuri campioni delBayern Monaco nei quarti, ma nel turno precedente riesce ad eliminare l'Ajax, squadra che aveva vinto consecutivamente le ultime tre edizioni.
Glianni ottanta si aprono con altri quattro campionati vinti consecutivamente. In Coppa dei Campioni il club elimina al primo turno dell'edizione 1980-81 i campioni in carica delNottingham Forest, per poi essere eliminato solo nei quarti di finale dai futuri vincitori della manifestazione, ilLiverpool, che nellastagione successiva ritrovano i bulgari ai quarti e vengono eliminati, prima che il CSKA esca sconfitto dalla semifinale contro il Bayern Monaco.
Il 18 giugno 1985 la finale dellaCoppa di Bulgaria tra il CSKA Sofia e i rivali delLevski Sofia finisce in rissa e le due squadre vengono espulse dal campionato e sciolte. Il CSKA Sofia viene rifondato con il nome diCFKA Sredec e riammesso al campionato. Nell'edizione 1988-1989 dellaCoppa delle Coppe raggiunge la semifinale, dove viene eliminato dai futuri campioni delBarcellona. Incampionato si aggiudica il venticinquesimo titolo bulgaro. Nellastagione 1989-1990 la squadra riprende la denominazione di CSKA, confermando il titolo vinto lastagione precedente. Nello stesso anno vince la prima edizione dellaSupercoppa di Bulgaria.
Nellastagione 2002-2003 il CSKA vince il ventinovesimo titolo e nellastagione 2004-2005 il trentesimo. Nel dicembre2006 la squadra viene acquistata daLakshmi Mittal, magnate indiano leader mondiale dell'industria dell'acciaio, e uno dei suoi figli, Pramod Mittal, ne diventa presidente. Nellastagione 2007-2008 la squadra vince il campionato, ma viene esclusa dallaUEFA Champions League a causa dei debiti contratti con lo stato e con le banche. Nelle edizioni diEuropa League2009-2010 e2010-2011 la squadra si qualifica alla fase a gironi, ma in entrambe le edizioni conclude il girone in ultima posizione, venendo eliminato. Nellastagione 2010-2011 vince per la diciannovesima volta la Coppa di Bulgaria e successivamente mette in bacheca per la quarta voltaSupercoppa di Bulgaria.
A causa dei debiti con il fisco bulgaro, al termine dellastagione 2014-2015 la società fallisce e viene retrocessa nella terza divisione nazionale.[4] Nella stagione 2015-2016 chiude al primo posto il girone sud-ovest della terza divisione, con 31 vittorie e un pareggio in 32 partite, e viene promosso. Tramite un'ardita operazione finanziaria, in estate acquisisce la struttura societaria delLiteks Loveč, club a sua volta con problemi disciplinari, nel quale trasferisce la propria azienda sportiva, mentre il vecchio asset societario del CSKA viene sganciato in unabad company avviata al fallimento. Tutta questa operazione avviene sotto l'attenzione dellafedercalcio bulgara, che a sua volta scioglie la vecchia Lega calcio sostituita dallaPărva Profesionalna Futbolna Liga, cui il nuovo CSKA viene affiliato con unawild card, riportandolo così già nel massimo campionato. Nella stagione 2017-2018 il club termina secondo in campionato alle spalle delLudogorec. DallaCoppa di Bulgaria, dopo aver eliminato il Ludogorec, esce in semifinale contro i rivali delLevski Sofia.
2016 • La dirigenza acquisisce la struttura legale del Litex Lovech, nella quale trasferisce l’azienda sportiva del CSKA, abbandonando al fallimento la propria vecchia società. La Federcalcio bulgara riconosce l’operazione ripescando il rinnovato club nel massimo campionato.
Tra il 17 agosto 1996 e il 20 aprile 1997 il CSKA Sofia resta imbattuto per 23 giornate consecutive di campionato, che alla fine verrà vinto dal club con 4 punti di vantaggio sulNeftohimik Burgas. Record eguagliato tra il 10 agosto 2002 e il 5 aprile 2003 quando il CSKA non perde per altre 23 partite di fila tra campionato eCoppa UEFA. Tra il 19 settembre 2004 e il 21 maggio 2005 il CSKA Sofia ottiene 29 risultati utili consecutivi tra campionato, Coppa bulgara e Coppa UEFA. Tra il 18 aprile 2007 e l'8 novembre 2008 è rimasto imbattuto in casa per 29 incontri tra campionato, Coppa UEFA e Supercoppa di Bulgaria. Tra il 18 aprile 2007 e il 26 aprile 2009, per più di due anni, il CSKA Sofia non ha mai perso in casa nella massima divisione bulgara, collezionando 28 successi e 3 pareggi in 31 sfide: l'imbattibilità cadde il 9 maggio nel derby contro ilLevski Sofia 0-2, che per coincidenza aveva vinto anche l'ultima partita prima che iniziasse la serie positiva dei rivali, il 7 aprile 2007, col punteggio di 0-1. Da quando la società è retrocessa in terza divisione ha vinto tutte le 16 partite giocate, subendo un solo gol, ovvero alla media di 0,06 a partita; ha inoltre vinto anche le tre partite di Coppa bulgara disputate, subendo un'altra rete.[5]