Dal punto di vista archeologico le più antiche attestazioni nel territorio di Pozzuolo Martesana sono riferibili ad una tomba romana di età imperiale rinvenuta nella frazioneBisentrate[5] e ad alcune sepolture di epoca longobarda, databili entro la prima metà delVII secolo, rinvenute nel2011 lungo il percorso dell'autostradaBreBeMi, a sud dell'attuale abitato[6].Inepoca romana, da Pozzuolo Martesana, passava lavia Mediolanum-Brixia,strada romana che metteva in comunicazioneMediolanum (Milano) conBrixia (Brescia) passando daCassianum (Cassano d'Adda).[senza fonte]
La più antica attestazione del nome è invece documentata da una pergamena conservata nell'archivio capitolare della Curia vescovile diBergamo relativa ad un atto di vendita stipulato (Actum vico Pociolo) nel marzo del1044 per la vendita di alcuni beni in Medolago[7].Nel1191 è invece attestato il nomePozolo in un'altra pergamena relativa alla vendita di alcuni terreni proprio a Pozzuolo Martesana[8].
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 15 novembre 1955.[12]
«Di rosso, alpozzo d'oro, murato di nero, fondato sucampagna di verde e sostenente un ferro semicircolare per carrucola sul quale posa un'aquila d'oro, rivoltata col volo abbassato. Ornamenti esteriori da Comune.»
Il gonfalone è un drappo partito di giallo e di rosso.[13]
Chiesa di San Francesco edificata nelXIII secolo, e originariamente dedicata a Santa Maria per essere poi ridedicata alsanto d'Assisi, uno dei primi insediamenti francescani in Lombardia, soppressa nel 1769.[14]
Località storica dellaMartesana e del Parco dell'Alto Martesana[15][16][17], nel corso del2012, il territorio comunale è stato interessato da profonde trasformazioni urbanistiche e paesaggistiche, per lo più riconducibili all'edificazione in area agricola di unpolo logisticoDHL, di una cava di prestito e più in generale di infrastrutture riferibili ai cantieriBreBeMi eT.E.M., che hanno condotto alla sottrazione di ampie porzioni di terra messa a coltura e all'abbattimento di decine di alberi, taluni secolari, di interesse delPLIS locale e tutelati dal Parco dell'Alto Martesana, nella cui fondazione nel2009 Pozzuolo Martesana fu tra i comuni capofila[18].