Jankūnas ha giocato due stagioni con laKauno Žalgiris-Sabonio mokykla, seconda squadra del teamŽalgiris Kaunas militante nellaLKAL (secondo livello del campionato lituano), conquistando il titolo nel 2003. Fu nominato MVP della lega grazie ad una media di 20 punti, 12,3 rimbalzi e 1,5 stoppate a partita. Nel 2003 ha anche partecipato al Reebok Eurocamp aTreviso.
Nella stagione 2003-04 Jankūnas esordisce nella prima squadra delloŽalgiris Kaunas e nella stagione 2008-09, grazie ad una media di 15,4 punti e 7,7 rimbalzi a partita, venne nominato nellaLega Baltica MVP della stagione[1]. In questa stagione registrò inEurolega anche il season-high di 23 punti (8/10 dal campo) nella gara vinta controAsseco Prokom Sopot[2].
Il 14 agosto 2009 Jankūnas firma un contratto della durata di due anni con ilB.K. Chimki[3], ma rimase solo un anno perché, il 24 luglio 2010, ritorna allo Žalgiris Kaunas[4].Nel corso dei suoi anni inLituania, Jankūnas ha contribuito alla vittoria dei numerosi trofei nella bacheca dello Žalgiris, tra cui 14LKL, 8Coppe di Lituania e 4 campionati di Lega Baltica.
Il 15 gennaio 2020, durante la partita vinta contro laStella Rossa, Jankūnas divenne il miglior rimbalzista della storia dell'Eurolega raggiungendo quota 1783 rimbalzi[5].
Jankūnas ha vestito la maglia della nazionale già ai tempi delle giovanili, partecipando al Campionato europeo Under-19 nel 2002 e aiMondiali Under-19 del 2003, conquistando due medaglie d'argento. Jankūnas ha vinto anche una medaglia di bronzo nelCampionato europeo Under-20 2004, diventando leader nella classifica rimbalzi con una media di 12,3 a partita, e una medaglia d'oro nei Mondiali Under-21 2005, registrando una media di 12,8 punti e 8,6 rimbalzi a partita[6].