Nato aRoma, venne eletto papa nel654, per esplicita volontà dell'imperatoreCostante II, mentre il predecessoreMartino I era ancora vivo e in viaggio versoCostantinopoli dove avrebbe subito il processo e la condanna all'esilio. Non è agevole comprendere i motivi per i quali né il clero e il popolo romano, né lo stesso Eugenio abbiano opposto resistenza allaprepotenza bizantina. Forse Eugenio, che era stato "apocrisario" (l'equivalente dell'odiernonunzio apostolico) aCostantinopoli e conosceva dunque bene quegli ambienti in quel particolare momento storico, può aver pensato che un suo rifiuto avrebbe potuto portare sul soglio pontificio un papamonotelita, ed era dunque preferibile uno "sgarbo" al suo predecessore piuttosto che un papaeretico. In ogni caso, per più di un anno si verificò la contemporaneità di due pontefici regolarmente eletti e regnanti[2].
Eugenio mostrò una maggior deferenza nei confronti dei desideri dell'imperatore, rispetto al suo predecessore, e non prese posizioni pubbliche contro ilpatriarca diCostantinopoliPirro I, già scomunicato dapapa Teodoro I, che aveva elaborato una formula teologica che completava quella già esposta nell'Ekthesis, per la cui accettazione giàPirro aveva ricevuto l'anatema dalla Chiesa di Roma. Anzi, si mostrò anche "benevolo" e disponibile ad una riammissione diPirro nella comunità ecclesiastica, nel tentativo forse di salvare la vita diMartino che invece, in assoluta coerenza con la linea seguita a suo tempo, si mostrò assolutamente contrario alla riabilitazione delpatriarca. La soggezione aCostantinopoli non si attenuò però neanche quando il nuovopatriarca,Pietro, gli inviò nel656 un documento "di compromesso" tra le posizioni di Roma e quellemonotelite: solo un'azione di forza del clero romano lo costrinse a rifiutarla[3].
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