Agapito era figlio di un certo Gordiano, unpresbitero romano ucciso durante i disordini occorsi ai giorni dipapa Simmaco nel settembre502[1] e che, secondo alcuni genealogisti, era figlio dipapa Felice III: Agapito sarebbe dunque un rappresentante dellaGens Anicia e dal fratello Palatino discenderebbe in linea direttapapa Gregorio I[2]. Inoltre, è il primo Papa non nato stricto sensu all'interno dell'Impero romano, sia d'Occidente o d'Oriente, bensì nel Regno di Odoacre, che riconosceva solo nominalmente la supremazia dell'imperatore di Bisanzio.
Il suo primo atto ufficiale fu quello di bruciare, di fronte alclero riunito in assemblea, l'anatema chepapa Bonifacio II aveva scagliato contro il suo rivaleDioscuro[1] e che aveva ordinato fosse conservato negli archivi della Chiesa di Roma: questo conferma che Agapito apparteneva alla fazione della chiesa romana più vicina a Costantinopoli, in contrapposizione con il governo di Ravenna. Confermò, inoltre, i decreti delConcilio tenutosi aCartagine dopo la conquista dell'Africa da parte di Belisario, nel 534: secondo questi decreti, i convertiti dall'arianesimo erano stati dichiarati non idonei ad accedere agliordini sacri e quelli già ordinati erano ammessi alla solacomunione laica. Accolse anche un appello da parte di Contumelioso, vescovo diRiez, che era stato condannato per immoralità da un concilio tenutosi aMarsiglia, ordinando aCesario di Arles di sottoporre l'imputato ad un nuovo processo di fronte ailegati papali.
Nel frattempo,Belisario, dopo la facile conquista dellaSicilia, stava preparandosi ad invadere l'Italia. Il regoticoTeodato, come ultima risorsa, supplicò l'anziano pontefice di recarsi aCostantinopoli e di usare la sua personale influenza sull'imperatoreGiustiniano. Per coprire i costi dell'ambasciata, Agapito fu costretto ad impegnare gliarredi sacri della Chiesa di Roma.[3]
Partì in pieno inverno accompagnato da cinquevescovi e da un imponente seguito. Nel febbraio del536 giunse nella capitale d'Oriente, dove fu ricevuto con tutti gli onori che si convenivano al capo della Chiesa cattolica e ortodossa (i due termini erano usati per indicare la chiesa indivisa). Come egli aveva previsto, lo scopo apparente della sua visita era destinato al fallimento. Giustiniano non poteva essere smosso dalla sua volontà di ristabilire i diritti dell'Impero in Italia. Tuttavia, dal punto di vista ecclesiastico, la visita del Papa aCostantinopoli sfociò in un braccio di ferro contro lo stesso Giustiniano. Così, dovette essere accantonato il progetto di realizzare a Roma la prima università cristiana del mondo latino, un luogo di studio e ricerca dei saperi sacri e profani che avrebbe dovuto ricalcare il modello dellaScuola di Alessandria e dellaScuola di Nisibi. Il progetto si concretizzò nelMonastero di Vivarium[4].
In quel periodo, sedeva sulla cattedra diCostantinopoli il patriarcaAntimo, che aveva abbandonato la sede diTrebisonda per unirsi aimonofisiti che, con l'aiuto dell'imperatriceTeodora, stavano cercando di modificare le formule ecumeniche delConcilio di Calcedonia. Non appena il Papa giunse nella capitale, un personaggio di spicco delclero locale accusò ilpatriarca di essere un intruso ed uneretico. Agapito gli ordinò, allora, di predisporre una confessione difede scritta e di ritornare alla sede che aveva abbandonato; al suo rifiuto, troncò tutti i rapporti con lui. Questa situazione contrariò l'imperatore che, ingannato dalla moglie Teodora sull'ortodossia del suo protetto, arrivò fino a minacciare di bandire il Papa. Agapito rispose con spirito: «Con impazienza ero venuto ad ammirare il cristianissimo imperatore Giustiniano. Al suo posto trovo unDiocleziano le cui minacce, tuttavia, non mi terrorizzano».
Questo intrepido parlare fece riflettere Giustiniano che, infine, si convinse che la fede di Antimo era quantomeno sospetta. Pertanto, non sollevò alcuna obiezione quando il Papa, esercitando i suoi pieni poteri, depose esospese il patriarca. L'imperatore accordò al pontefice il privilegio di ordinare personalmente, per la prima volta nella storia della Chiesa, il nuovo patriarca di Costantinopoli,Menna (o Menade). Questo memorabile esercizio delle prerogative papali non fu dimenticato dagli orientali che, insieme ai latini, lo venerano come santo. Al fine di allontanare da sé ogni sospetto di favorire l'eresia, Giustiniano consegnò al Papa una confessione di fede scritta, che questi accettò, con la condizione che «...anche se non posso ammettere in unlaico il diritto di insegnare la religione, tuttavia osservo con piacere che lo zelo dell'imperatore è in perfetto accordo con le decisioni deiPadri».
Poco tempo dopo, Agapito si ammalò e il 22 aprile morì; aveva regnato per dieci mesi. I suoi resti mortali furono portati aRoma in una bara di piombo e tumulati inSan Pietro. La sua tomba andò perduta a causa dei lavori della nuovaFabbrica.
«22 aprile – A Costantinopoli, anniversario della morte di sant'Agápito I, papa, che si adoperò con fermezza perché il vescovo di Roma fosse eletto liberamente dal clero dell'Urbe e la dignità della Chiesa fosse ovunque rispettata; mandato poi dal re dei Goti Teódoto a Costantinopoli presso l'imperatore Giustiniano, difese la retta fede e ordinò Mena vescovo della città, dove riposò nella pace.»
