Le prime tracce della presenza umana in Oggiona con Santo Stefano risalgono all'età del bronzo, testimoniate dalla lama di un pugnale conservato presso il museo diGallarate. Di epoca romana e tardo-romano sono invece una moneta bronzea ed unatomba alla cappuccina, quest'ultima conservata presso il Municipio. Per Oggiona con Santo Stefano passava un percorso di crinale lungo la sponda sinistra dell'Arno. I resti di una torre alto medioevale di controllo stradale, inglobati nella struttura posteriore della chiesa di Santa Maria Annunciata al Castello, testimoniano l'importanza di Oggiona prima dell'anno Mille.
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 22 gennaio 1970.[5]
«Partito: nel primo di rosso, alcastello d'argento, torricellato ai lati di due, murato e aperto di nero, il fastigio merlato di sei, esse torri finestrate di uno di nero e merlate di tre; nel secondo, d'azzurro, allabilancia d'oro. Ornamenti esteriori da Comune.»
Il gonfalone è un drappo partito di azzurro e di rosso.
Il comune è diviso tra i due centri di Oggiona e Santo Stefano Arno, ubicati rispettivamente sulla sponda destra e sinistra del torrente Riale, affluente dell'Arnetta.La frazione di Santo Stefano è divisa in quattro rioni: Borani, Ruarit, Cantone e Bisciuina; la frazione di Oggiona è divisa in due rioni: San Vittore e Campo Grande.
In una settimana di giugno ha luogo il palio delle contrade, al quale partecipano i due rioni di Oggiona e i due rioni di Santo Stefano, così raggruppati:
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