Il miglior risultato fu il terzo posto raggiunto nel1966, che costituì anche il miglior risultato raggiunto da una squadra azera nell'era sovietica. Nel2006 giornalisti e tifosi azeri hanno commemorato questo successo.
Nel1992 l'Azerbaigian divenne uno stato indipendente, e subito la locale federazione calcistica organizzò il campionato nazionale. Il Neftçi conquistò la prima edizione vincendo anche laSupercoppa e nel1994-1995 la primaCoppa d'Azerbaijan della sua storia. Nel1995-1996 e1996-1997 conquistò ancora il titolo nazionale. Poi cominciò un digiuno interrotto nel2003-2004, quando i bianco-neri conquistarono il primo di due titoli consecutivi.
Nel gennaio2008 l'allenatore cecoVlastimil Petržela fu sostituito dal trainer ucrainoAnatoliy Demyanenko. Nella stagione2007-2008 il Neftçi si è classificato terzo. Tre anni più tardi, nel2010-2011, il club è tornato a vincere il titolo nazionale, il settimo della sua storia, impresa ripetuta nella stagione2011-2012.
L'undici del Neftçi Baku sceso in campo nel 2012 per la sfida di Europa League contro l'Inter.
Nel2012-2013 è riuscito a qualificarsi per la fase a gironi diEuropa League, prima volta nella storia del calcio azero, eliminando i ciprioti dell'APOEL ai play-off, venendo successivamente inserito nel gruppo H, conInter,Rubin Kazan ePartizan Belgrado. Il Neftçi otterrà 3 punti, grazie ai tre pareggi ottenuti con ilPartizan Belgrado (0-0 in casa e 1-1 inSerbia) e con l'Inter (2-2 aSan Siro), ma perdendo le altre gare e qualificandosi così al terzo posto.
Il 14 maggio2013 arriva la conferma matematica che il club ha vinto (per il terzo anno di fila) il campionato, ed è la prima squadra azera a vincere più di due scudetti consecutivi. Pochi giorni più tardi, il 28 maggio, arriva anche la conquista della coppa nazionale, in un match vinto aitiri di rigore controilKhazar Lenkoran[1].
Prende parte alle qualificazioni per la fase a gironi diUEFA Europa League 2018-2019, ma qui subisce un'incredibile rimonta contro l’Újpest: il club dell’Azerbaigian vince 3-1 l’andata in casa, ma al ritorno le cose vanno storte e subiscono un pesante 4-0, venendo così eliminati al primo turno. Nella stagione2020-2021 torna a vincere il campionato, interrompendo dopo 8 stagioni il dominio dei rivali delQarabağ, sconfiggendo proprio i rivali all'ultimo minuto dell'ultima giornata di campionato grazie a una rete diAhmed Ahmedov.