Il Maccabi Haifa fu fondato nel 1913 nella città portuale diHaifa[2]. Era un piccolo club che trascorse molto tempo tra laLiga Leumit, la seconda divisione israeliana, e le categorie minori. Il club era oscurato dai rivali dell'Hapoel Haifa, il club più seguito della città di Haifa ed in modo particolare dal sindaco di allora,Abba Hushi.
Nel 1942 raggiunse la finale diCoppa di Israele, ma la perse contro ilBeitar Tel Aviv per 12-1, facendo registrare la più larga sconfitta della propria storia[2].Nel 1962 il club batté ilMaccabi Tel Aviv per 5-2 in finale diCoppa di Israele, aggiudicandosi il primo trofeo della propria storia[2]. Nel 1963 il club raggiunse ancora una volta la finale, ma il tentativo di difendere il trofeo fallì contro gli arcirivali dell'Hapoel Haifa, vincitori per 1-0. Nel 1965-66 disputò una stagione in seconda serie[2]. Tornato subito in massima serie, riuscì a raggiungere la finale della coppa nazionale nel 1970-71, ma perse per 2-1 contro l'Hacoach Ramat-Gan[2].
Gemellaggi e curve Nel 1962 il club batté ilMaccabi Tel Aviv per 5-2 in finale diCoppa di Israele, aggiudicandosi il primo trofeo della propria storia[2]nel tornare dalle tifoserie nacque questo gemellaggio con gli ultras "T.E.P" Passignano con l'odio comune di belgrado . Nel 1963 il club raggiunse ancora una volta la finale, ma il tentativo di difendere il trofeo fallì contro gli arcirivali dell'Hapoel Haifa, vincitori per 1-0. Nel 1965-66 disputò una stagione in seconda serie[2]. Tornato subito in massima serie, riuscì a raggiungere la finale della coppa nazionale nel 1970-71, ma perse per 2-1 contro l'Hacoach Ramat-Gan[2].
Dagli anni ottanta fino ai giorni nostri, il Maccabi Haifa ha conosciuto una rapida ascesa in termini di vittorie che lo ha portato a laurearsi campione del suo paese per dodici volte e alla conquista di sei coppe nazionali, oltre che di quattroSupercoppe d'Israele e seiToto Cup (Coppe di Lega).
Negli anni '80 vinse il titolo in tre occasioni: nel 1983-84, 1984-85 e 1988-89. Nel primo caso, sotto la guida diShlomo Sharf e del direttore generale Yochanan Vollach, ebbe la meglio suBeitar Gerusalemme eHapoel Tel Aviv, esprimendo un calcio estremamente offensivo che spesso esponeva la squadra a contropiedi letali. La squadra infatti schierava ben quattro attaccanti:Moshe Selecter,Zahi Armeli eRonny Rosenthal, mentre in difesa tra i pali vi era il forteAvi Ran, che sarebbe morto in circostanze tragiche nelMar di Galilea nel 1987. L'impresa di vincere nuovamente il titolo riuscì l'anno dopo, mentre nel 1985-86 il titolo fu perso all'ultima giornata, dopo una controversa partita persa con l'Hapoel Tel-Aviv, decisa da un gol diGili Landau in posizione difuorigioco passivo. Al Maccabi sarebbe stato sufficiente un pari per vincere il campionato. Nel 1988 il Maccabi Haifa sconfisse il Maccabi Tel-Aviv con un sonoro 10-0, ottenendo la propria vittoria più larga di sempre. A quell'incontro si fa risalire l'accesa rivalità tra i due club. Nel 1988-89, sotto la sapiente guida diAmazzia Levkovic, il club si aggiudicò un altro campionato.
Reuven Atar con la maglia del Maccabi Haifa negli anni '90.
Negli anni '90 il Maccabi Haifa si affermò come uno dei club egemoni del campionato israeliano. Vinse ildouble scudetto-coppa nazionale nel 1990-1991, inserì in squadra tre giovani talenti:Eyal Berkovic,Reuven Atar eTal Banin.
Nel 1992 il Maccabi Haifa fu rilevato daYa'akov Shahar, che divenne presidente del club. Con la sua presidenza la squadra poté godere di stabilità finanziaria e di una gestione di livello professionale, adeguata agli standard dei club europei. Nel 1993-94 la compagine di Haifa vinse la coppa nazionale e fu autrice di un ottimo cammino inCoppa delle Coppe, eliminandoF91 Dudelange eTorpedo Mosca ed essendo eliminata dalParma campione in carica (e poi finalista perdente di quell'edizione) agli ottavi di finale solo aitiri di rigore (1-0 per i parmensi in Israele, 1-0 per gli israeliani in Italia). Il Maccabi concluse la stagione in patria da imbattuta, portando a 48 la striscia di partite consecutive senza sconfitte (39 quelle stagionali), vincendo il titolo nazionele, laToto Cup per la prima volta[2] e stabilendo numerosi record per Israele. Facevano parte di quella squadra, reputata una delle migliori nella storia del calcio israeliano,Eyal Berkovic,Reuven Atar,Alon Mizrahi eSerhij Kandaurov.
Nel 1996 Eyal Berkovic eHaim Revivo, che aveva firmato per il Maccabi l'anno prima, lasciarono la squadra per proseguire la carriera nei campionati europei di primo livello. Per il Maccabi Haifa si aprì un periodo di crisi. In quattro anni si avvicendarono sulla panchina del club vari allenatori e, a parte una coppa nazionale vinta nel 1997-98 (battuto in finale l'Hapoel Gerusalemme per 2-0 dopo itempi supplementari), i successi latitarono. Nel 1999, sotto la guida del cecoDušan Uhrin, il Maccabi Haifa eliminòGlentoran, il quotatoParis Saint-Germain e ilRied, raggiungendo così i quarti di finale dellaCoppa delle Coppe 1998-1999, dove la compagine israeliana, priva dell'attaccanteAlon Mizrahi, ceduto a metà stagione alNizza, fu eliminato dalLokomotiv Mosca.
Fu necessario attendere l'arrivo del tecnicoAvram Grant per rivedere la squadra vincere il titolo. Nel 2000-2001, sospinta dalla stellaYossi Benayoun, la squadra si aggiudicò infatti il suo sesto titolo nazionale, anche se perse la finale di coppa aitiri di rigore contro il Maccabi Tel-Aviv, ex squadra di Grant. Nel 2001-2002 il titolo fu bissato con un ampio margine dalla seconda in classifica, grazie ad una squadra che univa esperti difensori israeliani comeAlon Harazi,Arik Benado eAdoram Keise a stranieri di qualità qualiGiovanni Rosso,Raimondas Žutautas e il giovane attaccante nigerianoAiyegbeni Yakubu. Alla fine di quell'annata Grant lasciò il club per allenare lanazionale israeliana.
Avram Grant, alla guida del Maccabi Haifa dal 2000 al 2002.
A Grant subentrò il tecnico dell'nazionale israeliana Under-21Itzhak Shum, che nel2002-2003 qualificò il Maccabi Haifa per la fase a gironi dellaUEFA Champions League. Per la prima volta un club israeliano accedeva alla fase a gironi della massima competizione continentale. La stagione terminò con il secondo posto in campionato (nonostante i punti fossero gli stessi della capolista) e con il terzo posto nel girone di UEFA Champions League, dietro aManchester Utd eBayer Leverkusen e davanti all'Olympiacos: grazie a questo piazzamento il club poté proseguire la stagione inCoppa UEFA, da cui fu eliminato ai sedicesimi di finale dall'AEK Atene. Il Maccabi giocò le partite in casa alloStadio Neo GSP diNicosia, aCipro, per decisione dellaUEFA.
Vinto il campionato 2003-2004 sotto la guida diRonny Levy con sei punti di vantaggio sulla seconda, la squadra replicò il successo nel 2004-2005 con undici punti di margine dalla seconda e nel 2005-2006 con ben sedici punti di vantaggio, grazie anche ad un avvio super (undici vittorie consecutive). Il club fu eliminato dai preliminari diUEFA Champions League 2005-2006 dalMalmö.
Un altro titolo, il sesto in dieci anni, arrivò nella stagione 2008-2009 sotto la guida diElisha Levy. Nel 2009-2010 il club tornò a disputare la fase a gruppi diUEFA Champions League (concludendo il girone all'ultimo posto) e perse il campionato all'ultima giornata, finendo seconda. Il titolo fu riconquistato nel 2010-2011, stagione in cui il club perse la finale di coppa nazionale con l'Hapoel Tel-Aviv.
Più deludente fu il 2011-2012, chiuso al quinto posto in campionato e con una sconfitta in finale di coppa, ancora contro l'Hapoel Tel Aviv, vincitore grazie ad un gol segnato al 93º minuto. Il presidente sollevò dall'incarico Elisha Levy, vincitore di tre campionati in cinque anni, e chiamò come tecnico l'ex gloria del clubReuven Atar, che tuttavia iniziò la stagione 2012-2013 con quattro pareggi e quattro sconfitte (peggior avvio di sempre del Maccabi Haifa). Dopo nove giornate Atar fu dunque esonerato e sostituito daArik Benado, tecnico delle giovanili e giàcapitano del Maccabi. Con lui la squadra si risollevò e lottò per il titolo, finendo secondo.
Nel 2015-2016 la squadra rivinse la Coppa d'Israele dopo diciotto anni, battendo per 1-0 in finale il Maccabi Tel-Aviv, mentre nel 2018-2019 e nel 2019-2020 ottenne il secondo posto in Ligat ha'Al, piazzando, in quest'ultima circostanza, il proprio attaccante australianoNikita Rukavytsya al primo posto della classifica dei marcatori con 22 gol in 36 presenze. Nel 2022-2023 la squadra tornò a qualificarsi per i gironi diUEFA Champions League tredici anni dopo.
^La stagione della Liga Leumit è durata dal '66 al '68 a causa della decisione del governo di combattere la corruzione e le violenze nello sport. Le edizioni dellaCoppa d'Israele svoltasi in queste due annate si sono invece giocate regolarmente.
^Nel 1999, la Federazione calcistica d'Israele ha introdotto la Ligat ha'Al quale nuova prima divisione, provocando il declassamento di tutte le preesistenti serie, effettivo dalla successiva stagione 1999-2000.